Pour le sens du pronom « en » dans cette phrase :
Dis-m’en plus signifie : dis-moi plus au sujet de cela.

La différence entre les temps composés et les temps simples :
Le temps composé exprime l’aspect accompli :
Que s’était-il passé avec son père pour que sa voiture eût brûlé de la sorte ?
Le temps simple non : Que s’était-il passé avec son père pour que sa voiture brûlât de la sorte ?

C’est donc vous qui choisissez, selon que vous voulez ou non insister sur l’idée d’achèvement (eût brûlé)  ou sur le processus (brûlât)

Remarque : les temps imparfait et plus que parfait du subjonctif sont souvent remplacés par le passé du subjonctif : ait brûlé ou présent du subjonctif brûle : parce que les premiers tombent plus ou moins en désuétude et que le verbe de la principale suffit à renseigner sur le temps.

C’est en effet une injonction et une injonction peut se formuler de plusieurs façons :
– avec l’impératif, comme ici : apporte sans faute ton livre demain
– avec le présent : tu apportes sans faute ton livre demain
– avec le futur : tu apporteras sans faute ton livre demain.

Ce qui a été choisi dans votre phrase c’est l’impératif : prononce encore un mot et… (et non le présent : tu prononces encore un mot et… ni le futur : tu prononceras encore un mot et..)
Qu’il y ait une relation de condition entre les deux propositions : la première prononce encore un mot et la deuxième qui commence par « et » et que vous ne citez pas, ne change rien au choix du temps du verbe prononcer pour exprimer l’injonction.

Des cousins tout doux : ici, tout est adverbe et modifie l’adjectif « doux ». On peut lui substituer un autre adverbe, par exemple « très » > des coussins très doux
Des coussins, tous doux : « tous » est pronom et reprend « coussins ». Si on remplace ce nom masculin pluriel par un nom féminin  pluriel: des couettes, toutes douces (comme il y a reprise, on met une virgule entre le nom et le pronom).

Ici on accorde avec le complément du nom « quart » sous-entendu : un quart d’entre elles. En effet, ce sont les personnes qui sont concernées. La proportion fonctionne comme un déterminant pluriel.
Parmi elles, un quart seraient concernées par cette réforme.

Il faut se référer au sens :
Des sacs-poubelles
Des micros-espions
Les deux noms renvoient au même objet : des sacs qui sont en même temps des poubelles – des micros qui sont des espions
Un pare-feu protège du feu, des pare-feu protègent du feu.

J’accepterais les deux formulations.

Le seigneur accorde à ceux qui bâtissent sur ses terres qu’ils seront à l’abri des représailles étrangères.
Le seigneur accorde à ceux qui bâtissent sur ses terres d’être à l’abri des représailles étrangères.

Le plus que parfait marque l’antériorité et, j’ai envie de dire : un point c’est tout (en dehors de sa valeur de courtoisie puisqu’il met à distance).
Il indique un retour en arrière et n’a pas forcément besoin d’un indicateur qui le signale.
Dans un texte au passé :
Il se dirigea vers la porte d’un pas hésitant. Il avait longuement pensé à ce moment.
Mais aussi dans un texte au présent :
Il ouvre la porte et s’arrête : il pense au jour lointain où il l’avait franchie das l’autre sens.
Le retour en arrière est plus loin qu’avec le passé composé qui lui, reste « accroché » au présent.

Pour il y a : l’expression temporelle Indique simplement un moment antérieur au moment de l’énonciation. Le verbe se conjugue sans problème.
Je l’ai rencontré il y a exactement dix ans.
Je l’avais rencontré il y avait exactement dix ans.

Et donc : Paul avait pris ses fonctions, il y avait trois ans ou Paul a pris ses fonctions, il y a trois ans 

« Leur » (pronom personnel) est ici déjà un pluriel. Comme vous l’avez dit, le singulier est « lui ».
Le déterminant possessif « leur »est quant à lui, variable, comme tous les déterminants. il s’accorde avec le nom qu’il accompagne.
le chien >les chiens —- un chien >des chiens— son chien>ses chiens—leur chien>leurs chiens

Mon avis.
Il ne me semble pas qu’il y ait contradiction à utiliser le dialogue dont un interlocuteur serait le « je ». En effet, dans tout récit le narrateur se distingue du personnage : dans un récit à la première personne, le « je » est au moins double. Il est même triple dans l’autobiographie.
Cependant la mise en dialogue est un exercice difficile, c’est affaire d’élégance, d’habileté. Il faut savoir varier les introductions de paroles, passer du discours direct au discours indirect, voire indirect libre, et éviter un excès d’incises, surtout en effet les « è-je ».