Il semble que le degré de certitude ne soit pas toujours suffisant pour choisir le mode de la subordonnée sujet du verbe de la principale. On lit ceci concernant la complétive (subordonnée) sujet ( 44. Le subjonctif ) :
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Le ver­be d’une pro­po­si­tion subordonnée com­plé­tive se met nor­ma­le­ment au sub­jonc­tif quand la com­plé­tive est le su­jet du ver­be de la pro­po­si­tion prin­cipale.
Il y a deux cas principaux :
a) ordre des mots  normal, quand la com­plé­tive est su­jet du ver­be de la prin­ci­pa­le, devant le ver­be :
Qu’ils vous aient répondu de cette ma­niè­re ne m’étonne guère.

b)  su­jet inversé, quand la com­plé­tive est su­jet du ver­be de la prin­ci­pa­le et post­po­sée à ce ver­be (et on em­ploie ha­bi­tu­el­le­ment le pro­nom conjugateur il/ça/ce devant le ver­be), dans des cons­truc­tions de types variés :
Il faut que vous répondiez le plus vite pos­si­ble. ■ Il est exclu que l’octroi de cette subven­tion soit remis en ques­tion.  ■ C’est une grande chance qu’on ait découvert la fuite de gaz à temps. ■ Peu importe qu’ils ne soient pas d’accord, on le fera quand mê­me  ■ Il n’est pas normal que cette demande n’ait pas en­co­re été exa­mi­née.Les cons­truc­tions où la com­plé­tive est su­jet post­po­sé sont très fré­quentes en fran­çais et elles com­por­tent de nom­breuses va­rian­tes, dans lesquelles l’in­di­ca­tif est parfois pos­si­ble éga­le­ment. Mais dans l’en­sem­ble, on peut dire que quand la com­plé­tive est su­jet du ver­be, le mode normal et majoritaire est le sub­jonc­tif.
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Pour ma part, j’écrirais avec inversion du sujet :
1 Il va de soi que tu es la bienvenue. L’indicatif soulignant en effet le degré de certitude très élevé (mais le subjonctif est possible également).
et, avec le sujet posé avant la principale
2 Que tu sois la bienvenue va de soi. Le subjonctif place généralement le fait comme thème de réflexion, ce qui s’accorde avec  la position du sujet qui est le thème de la phrase en 2

Il va de soi que tu es la bienvenue : il faut l’indicatif ici, « il va de soi » exprime une réalité, équivalant à « c’est certain ».