Votre question manque de précision..
Je vais essayer de vous répondre.
Si votre récit est au système du présent, il comporte sans doute en effet des retours en arrière.
Le retour en arrière  utilise et le passé composé pour rendre compte des actions ou des faits, et l’imparfait quand il s’agit de notations descriptives ou de données d’informations.
Il faut un exemple :
Pierre ne maîtrise plus son impatience. Il se lève, tourne en rond dans la pièce. Et soudain il se souvient… hier, alors qu’ils discutaient tranquillement Marc a reçu un appel téléphonique qui n’a duré que quelques secondes. Il est revenu s’asseoir et a repris la conversation comme si de rie n’était.
Cependant il avait l’air préoccupé. Pierre décide d’aller le voir immédiatement. Il prend son blouson et sort.

En italiques le retour en arrière : notez l’emploi du PC et de l’Imp.

Il n’y a aucune préférence à avoir hors contexte. Les deux modes sont possibles et portent, chacun, une nuance
Pour aller vite : l’indicatif est le mode du réel, le subjonctif du virtuel ou du subjectif.

Ne trouves-tu pas que nous sommes complémentaires ?
L’énonciateur (celui qui énonce la phrase) a une opinion. La complémentarité dont il parle appartient à son système de croyances.
Ne trouves–u pas que nous soyons complémentaires ?
L’énonciateur pose un sujet à débattre, en quelque sorte. La complémentarité est posée en dehors de son système de croyances.

Certes, c’est une nuance, elle existe néanmoins.

Bel et bien est une locution adverbiale qui signifie : réellement, d’une manière tout à fait sûre.
Étant un adverbe, il est invariable.

Construction : L’attribut est introduit par le verbe sans préposition.
La voiture est un véhicule
Sens : on peut mettre le signe = entre les deux termes situés à la droite et à la gauche du verbe
La voiture = un véhicule

Votre exemple ne remplit aucune de ces conditions :
La voiture est sur la route > préposition devant le  complément
La voiture ≠  la route > le signe = est impossible

Remarque : le verbe être n’a pas toujours un sens attributif : Il est avec moi / il est ailleurs / il est en tenue de travail / il est sans nouvelles de sa fille / cet objet est à moi/ le temps est à l’orage / Cet objet est en bois /  Tu en es encore là ? / etc.  >> dans tous ces cas, ce qui est à droite du verbe être n’est pas attribut.

Je l’ai mise, la planche sur laquelle on doit écrire.
Oui. Le pronom COD |l’| est placé avant le verbe, le participe passé s’accorde avec  lui, qu’il y ait ou non reprise avec le nom ensuite.

Il faut toujours, en effet, proposer au moins une phrase complète.
Je la complète donc pour vous répondre :

1.L’ami dans la villa duquel/de qui je passe mes vacances est actuellement en Australie : correct
Cette  phrase 1 est construite à partir de ces deux phrases simples :
Mon ami est actuellement en Australie
je passe mes vacances dans la villa de cet ami

2 L’ami dans la villa où j passe mes vacances  est actuellement en Australie: ici l’énoncé devient incompréhensible, en tous cas obscur,et  puis qu’il est dit que l’ami est dans la villa et en Australie.
Alors que cette phrase 2 :
Mon ami dans la villa est actuellement en Australie
Je passe mes vacances dans cette villa

Il est toujours possible de reformuler, car, en effet la phrase 1  peut être considérée comme lourde. Par exemple :
Je passe mes vacances dans la villa d’un ami qui est actuellement en Australie.

Oui, c’est un passé surcomposé qui marque l’antériorité par rapport à un verbe au passé composé.

Une fois qu’ils ont eu fait ceci, les autres ont pu faire cela.
Il remplace (plus souvent à l’oral) le passé antérieur qui lui,  est en relation d’antériorité par rapport à un passé simple
Une fois qu’ils eurent fait ceci les autres purent faire cela.

Oui. Fourni est un participe passé. Il s’accorde avec « pneus ». Deux pneus (sont) fournis.

Certains dessinateurs se sont même inspirés d’œuvres littéraires.

« même » est en effet adverbe. Il suffit de lui substituer un autre adverbe qui n’a pas d’homonyme pour le voir nettement :
Certains dessinateurs se sont encore/aussi/également inspirés d’œuvres littéraires.

Comment analyseriez-vous la phrase : « Il ne mange pas les carottes, mais les petits poids. » Il s’agit bien de la négation partielle ?
Oui Michalina.
Ce sont les carottes qu’il mange ? Il ne mange pas les carottes, mais les petits poids.
Si on avait : il ne mange pas de carottes  la négation serait totale. > on voit, au passage, le rôle de l’article qui n’est pas forcément le même dans les deux types de négation.
A relire le tout des années après (!), je relève que le contexte montre sur quoi porte la négation. Votre ajout « les petits pois » souligne  que la négation porte bien sur les carottes.