Cela fait longtemps que l’on s’est vues.
ici « on » est mis pour « nous » : il est féminin pluriel.
Cela fait longtemps que nous nous sommes vues.
Dans tous les cas le verbe (auxiliaire+ participe passé) a une COD |s’| : l’accord se fait avec lui parce qu’il est placé avant.
Remarque : quand un verbe pronominal a un COD, la règle du participe passé est la même que lorsque l’auxiliaire est « avoir ».

Oui. La troisième personne du singulier passe bien à l’écrit.
Il y a une nuance de sens entre l’emploi du plus que parfait et de l’imparfait du subjonctif. Elle est minime mais elle existe.
Cette querelle avait duré plusieurs mois, le temps que la nouvelle fût arrivée / arrivât à destination.
Il avait été chassé du village, sans que personne eût protesté / protestât.

L’e plus que parfait du S. comme tout temps composé a un aspect d’achèvement. Pas l’imparfait du S.

La différence est la même dans une phrase au présent entre le S. passé et le S. présent :
Il est chassé du village, sans que personne ait protesté / proteste
Cette querelle dure plusieurs mois, le temps que la nouvelle soit arrivée/ arrive à destination.
Elle est encore la même avec l’indicatif :
il est chassé du village  après que quelqu’un proteste/a protesté.
Cette querelle dure plusieurs mois après que la nouvelle arrive/est arrivée.

« Déjà » peut avoir, à l’oral ou dans la langue familière, un sens autre que temporel.

Les graves situations de crise.
Les situations de grave crise.

Généralement en effet il n’y a pas accord lorsque le COD est le pronom « en » parce qu’il signifie  souvent : un certain nombre parmi…
C’est bien le cas ici : mais combien en avons-nous réalisé ? > nous avons réalisé un certain nombre parmi ces projets : « en » ne reprend pas « projets ». Il est neutre.

Mais pas là :
Des projets, nous en avons tant formés ! > nous avons tant formé  de  projets : « en » reprend « des projets ». Il est donc masculin pluriel.

Ce qui montre qu’il est essentiel de toujours se référer au sens. Appliquer aveuglément des règles conduit parfois à l’erreur.

J’espère avoir été claire.
Claire est adjectif attribut du sujet « je ». Il s’accorde avec le pronom qui est féminin singulier.

Anne et Marie ont  été claires
Anne et Christian ont été clairs
Christian a été clair.

On était couverts : « On » ici, remplace le pluriel « nous ». Il est donc pluriel.

Mais posez autant de questions qui vous intéressent, Illys.

A la campagne, qu’y trouves-tu qui répond à tes questions ?
L’indicatif dans la subordonnée suppose qu’il y a réponse(s) : c’est un fait à découvrir seulement. Le fait « trouver » et le fait « répondre » sont en quelque sorte sur le même plan. On a deux informations : trouver et répondre.
A la campagne, qu’y trouves-tu qui réponde à tes questions ?
Le subjonctif de la subordonnée ne pose pas pour acquis qu’il y ait réponse(s). « répondre » est au second plan , sous la coupe de « trouver » , fait qui est la seule information.

N’hésitez pas, si je n’ai pas été claire, à me le dire.

Des femmes séduisantes, il en a rencontré des dizaines mais aucune qui n’était aussi naturelle et libre…
L’emploi de l’indicatif présente le fait comme réel.

Des femmes séduisantes, il en a rencontré des dizaines mais aucune qui ne fût aussi naturelle et libre… 
Des femmes séduisantes, il en a rencontré des dizaines mais aucune qui ne soit aussi naturelle et libre…
L’emploi du subjonctif présente le fait « être aussi naturelle… » comme une conjecture.

On remplace souvent le subjonctif imparfait (strictement correct mais désuet) par le subjonctif présent.