– C’est étonnant mais il faut parfois rappeler aux Français (natifs) qu’ils savent parler le français. Votre emploi des temps à l’oral est parfaitement juste. C’est bien le plus que parfait qui est requis. Ce temps exprime l’antériorité par rapport à un fait passé et c’est bien le cas ici.
– Ben a raison de vous faire remarquer que l’accord du participe passé « ébouriffé » doit se faire avec « cheveux » (le sens oblige).
– J’ajouterai qu’on ne peigne pas une raie parce que dans les cheveux, une raie est la ligne de séparation des cheveux : on se fait une raie – on se coiffe avec une raie sur le côté ou au milieu.

==> Repu, Damik rassembla ses esprits. Il enfila son pagne de laine blanche, alla se soulager dans les latrines puis se peigna avec soin,  refaisant  la raie dans des cheveux que la nuit avait ébouriffés.

En ce cas l’un n’exclut pas l’autre, on pourrait même avoir « et » :
Que la moindre erreur et/ou le moindre oubli soient sanctionnés.

Il y a donc deux sujets ===> verbe au pluriel

Il faut reprendre les choses à l’endroit.
Deux faits :
être à Lyon et apprendre le français
Attention les deux faits ne sont pas strictement identiques :
cause : faits : être à Lyon + décision d’apprendre le français
but : faits : être à Lyon + projet à atteindre d’apprendre le français

Si vous voulez exprimer la cause de votre présence à Lyon, c’est à dire l’origine de cette présence :
Je suis à Lyon parce que je veux apprendre le français.
Si vous voulez exprimer le but que vous avez en venant à Lyon, c’est à dire votre intention, votre projet :
Je suis à Lyon pour (ou bien ; afin d’) apprendre le français.
Il y a la même différence entre ces deux énoncés qu’entre les deux suivants :
Ce qui m’a fait venir à Lyon, c’est ma décision d’apprendre le français
Mon projet, en venant à Lyon est d’apprendre le français.

Nous avons là une question de sens – deux faits mais présentés dans leur relation de façon différente.
Les questions :
– pour rechercher la cause : pourquoi êtes vous à Lyon ? Quelle est l’origine de votre présence à Lyon?
– pour rechercher le but : quel est votre projet en vous installant à Lyon?

Remarque : l’ordre chronologique des deux faits n’est pas le même :
cause : fait n°1 décision d’apprendre le français déclenche le fait n°2 venir à Lyon
but : fait n°1 être à Lyon objectif à atteindre dans le futur fait n°2 apprendre le français.

Comme vous le dites il y a ellipse du nom. Comme il s’agit de deux pneumatiques : usés.
Pour décider du pluriel du participe passé, nul besoin de règle. Le sens décide.

Définitions de « cause racine »

Ils sont parfois utilisés pour indiquer que le terme ou l’expression mis en exergue n’a pas sa signification littérale ou habituelle.  Ce n’est pas le cas ici :-
– trou d’eau est une expression figée d’usage courant. On trouve sa définition ans les dictionnaires
– Bazar Universel est un nom propre : les majuscules suffisent.

Votre phrase : En effet, deux causes principales de survenue de troubles cognitifs brutaux sont

Ce qui vous gêne est, peut-être, le nom « survenue »qui est un peu vieilli (contrairement au verbe correspondant « survenir », qui est courant.
Dans cette phrase, on peut utiliser un autre nom :
1 En effet, il existe deux causes principales d’apparition  de troubles cognitifs brutaux : ce sont*
2 En effet, les deux causes principales d’apparition de troubles cognitifs brutaux sont*

Ou une autre tournure :
En effet,  les deux causes principales qui font que surviennent des troubles cognitifs brutaux sont

Sinon : votre première option est la bonne.
La préposition « à »  ne convient pas pour un complément du nom (causes).

*Si vous faites de « deux causes principales » le sujet d’un verbe (phrase 2) il faut un déterminant

je m’étais brûlé les ailes.
Règle du participe passé :
Pronominal avec COD =>accord avec le COD s’il est placé avant ce qui n’est pas le cas.

Non. « Qui » est un pronom « caméléon ».

C’est moi qui suis la plus belle.
Les éléphants, qui sont magnifiques, s’avancent vers nous.
Qui êtes-vous ?
Etc.

Je m’étonne de ce que vous fassiez du ski.

ce que vous fassiez du ski est une proposition subordonnée complément d’objet indirect de la principale je m’étonne
construction équivalente à : je m’étonne de votre courage

Je m’étonne
de : préposition introduisant le COI.
ce : pronom démonstratif coi>> cela : je m’étonne de cela : vous faites du ski
que vous fassiez du ski : proposition subordonnée relative complément du pronom « ce ».

—
« ce que » est considéré par certains comme une construction syntaxique particulière et comme un pronom relatif composé; je ne suis pas convaincue car alors où serait l’antécédent ? Je préfère l’analyse ci-dessus.