J’avais passé un petit village et j’étais passé par un petit village
Les deux phrases font un emploi différent du verbe « passer » et ont un sens différent :

J’avais passé un petit village : l’auxiliaire est « avoir » et la construction du verbe est directe (il n’y a pas de préposition entre le verbe et le complément  » un petit village »). Le sens est « dépasser« .

J’étais passé par un petit village  : l’auxiliaire est « être » et la construction du verbe est indirecte (il y a entre le verbe et le complément, une préposition : « par », qui désigne le lieu ou le point de passage obligés d’un parcours,ici à peu près « au travers »

Il y a donc un choix à faire selon ce qu’on veut dire.

Pour fêter le passage à mes 20 ans
est un raccourci de :
Nous dirions : Pour fêter le passage de mes 19 ans à mes 20 ans

Puisque le point le plus proche est à une distance inférieure à […] et que les diamètres des cercles considérés sont égaux,

La formulation est correcte : « que » reprend généralement les conjonctions de subordination :
Quand le point le plus proche… et que les diamètres..
Si le point le plus proche… et que les diamètres..
etc.

« Que » est conjonction de subordination et a pris le sens de la conjonction de sub. qu’elle remplace.

Attester signifie témoigner de la vérité, de la réalité  d’un fait.
Si témoigner se construit avec une préposition (de), ce n’est pas le cas s’attester qui appelle une construction directe (sans préposition) :
Quelqu’un témoigne d’un fait – quelqu’un atteste un fait
>> quelqu’un peut-il l’attester ?

Selon le dictionnaire de l’Académie :
Il est probable, fort probable que, suivi de l’indicatif ou du conditionnel. Il est fort probable qu’il renoncera à ce dessein. Si elle persévérait, il est probable qu’elle finirait par le convaincre. Il n’est pas probable, il est peu probable que, suivi du subjonctif. Il est peu probable qu’il dise la vérité.

>> l’emploi de l’un ou l’autre mode dépend du degré de certitude (ou d’incertitude)
Dans votre phrase au passé  l’emploi des temps est correct :
Avec le recul, je me disais qu’il était aussi probable que j’avais pris cette décision par dépit

Dans l’assemblée, ces femmes, et (avec) les hommes qui les accompagnent, sont belles
Dans l’assemblée, ces femmes et (avec) les hommes qui les accompagnent, sont belles
—

– d’abord il me lorsque « avec » a ne valeur d’ajout, il s’agit la plupart du temps d’ajouter une circonstance caractérisante au procès. Quand « avec » introduit une personne, c’est que le procès est une action.
Exemple : Ces femmes, avec les hommes, ont transporté les cartons… / entrent dans la pièce / etc.
Ici, on a un attribut : sont + adjectif et « avec » ne convient pas.
– « et » ne pose pas le même problème parce qu’il est plus « neutre ». En ce cas en effet, la virgule change tout :
Dans l’assemblée, ces femmes, et les hommes qui les accompagnent, sont belles.
Dans l’assemblée, ces femmes et les hommes qui les accompagnent sont beaux.

Mais je pense qu’il vaut mieux éviter ce type de formulation qui -et les questions que vous vous posez le montrent- manquant de clarté, est au fond bien maladroit.
Mieux vaut reformuler et énoncer de façon claire :
Dans l’assemblée, ces femmes sont belles, et les hommes qui les accompagnent aussi.
Dans l’assemblée, ces femmes ainsi que les hommes qui les accompagnent, sont beaux

Remarque : sans doute (?) est-ce régional (Dauphiné) le passé surcomposé prend un aspect particulier : il marque un fait qui a eu lieu très rarement.
Deux exemples :
Du ski, j’en ai eu fait pendant ma jeunesse  = il m’est arrivé d’en faire.
Je l’ai eu vu passer devant chez moi = il m’est arrivé de le voir passer devant chez moi.
Est-ce une valeur régionale du passé surcomposé ?

Il n’est pas possible de vous donner une réponse directe.

Vous demandez s’il vaut mieux, pour un récit, employer le passé simple ou le plus que parfait.
La question est celle-ci : quels temps choisir pour un texte au système du passé.
On parle de système parce qu’on a une panoplie de temps à notre disposition. Pour n’en citer que quelques-uns (indicatif) : le passé simple, l’imparfait, le passé composé, le plus que parfait, le passé antérieur, le futur du passé.
Tous ces temps sont généralement employés les uns par rapport aux autres et un récit un peu long utilise presque toujours plusieurs de ces temps.
Pour faire simple : au centre (le point du passé choisi où se déroulent faits et événements : le passé simple (ou le passé composé qui le remplace parfois) – et l »imparfait (remarques, informations, descriptions, aspect sécant..)
Pour exprimer l’antériorité : les temps composés : PQP etPA.
Pour les projections vers le futur : le futur du passé et futur antérieur du passé (formes du conditionnel)
—
Et donc, des passages entiers du récit peuvent être écrits au PQQ pour les faits et événements  (+ imparfait)- voire, pour un effet de style, un récit entier. mais ce temps donne une impression de retrait, manque de relief. Ce peut être un choix. Il faut que cela en soit un, sinon, c’est une maladresse.
Comparez :
Elle se leva très tôt ce matin-là, et se vêtit à la hâte. Il faisait encore nuit. Elle prit les documents qu’elle avait posé la veille sur la table et se mit à les feuilleter. Soudain on frappa à la porte.
Elle s’était levée très tôt ce matin-là, et s’était vêtue à la hâte. Il faisait encore nuit Elle avait pris les documents qu’elle avait posé la veille sur la table et s’était mise à les feuilleter. Soudain on avait frappé à la porte.

A vous de voir si vous avez besoin du PQP pour marquer l’antériorité de certains faits ou événements par rapport à d’autres (au passé-simple).

En effet, l’accord se fait, que la couleur soit réelle ou corresponde à autre chose, car la syntaxe n’est pas affectée par la réalité ou non de ce qui est énoncé.
J’écris : des soleils noirs – des pluies violettes – des colombes rouges. Et donc des n des polémoines bleues ,, des frangipaniers rouges aux fleurs blanches.

Mais attention :
des couleuvres vertes et jaunes : il y a des couleuvres vertes et des couleuvres jaunes
des couleuvres vert et jaune : chaque couleuvre a les deux couleurs