Effectivement, il existe des cas où le mot se n’est pas pronom personnel et ne s’analyse d’ailleurs pas grammaticalement.
Voir la seconde partie de l’article de l’Académie donné par Catbaloo .
Il s’agit là de vestiges  de l’ancien français que ne connaissent pas (selon moi) les autres grandes langues européennes (un gallicisme typique). C’est un sujet de linguistique intéressant mais assez technique. Vous pouvez lire néanmoins le B de l’article du CNRTL

La plupart des exemples que vous citez sont des extensions de sens que l’on peut qualifier d’abusives, encore une fois à cause de la langue très approximative des médias.
Ces acceptions renvoient toutes au « passif » d’un bilan comptable (le bilan est une balance), le pendant inévitable d’un « actif » (que l’on a). Il n’y a donc rien de péjoratif en soi tant que l’équilibre des deux est maitrisé, sinon ce sont des pertes et non un bénéfice.
Dans une rédaction littéraire et mûrie, on fera bien de s’abstenir de ces usages douteux, le français disposant de suffisamment de termes ou expressions précises…
PS On remarquera que (comme pour bilan) les médias (politiciens et consorts) finissent par vider nombre de mots de leur substance en les pressurant d’emplois inadéquats.  Comme ils sont influents sur un plan linguistique, ils créent un brouillard sémantique qui débouche sur la confusion.

Je ne vois pas quoi reprocher à cette formulation !
On trouve des dizaines d’utilisations dans tous les ouvrages publiés (et contrôlés) depuis le XVIIIe siècle.
Vous pouvez parcourir par exemple cette page qui en donne en abondance (faites défiler la liste par les numéros en bas de page).

En typographie classique (celle que je pratique comme correcteur), le nom des véhicules (bateaux, avions, voitures) s’écrit en italique en reprenant la graphie apparente sur la « carrosserie » (valeur de reproduction de l’inscription).
Le trait d’union n’est donc en général pas de mise, sauf s’il figure dans l’original (comme l’article défini qui est en général externe).
Les capitales sont au choix car les noms d’origine sont souvent écrits entièrement en capitales.
Le genre est affaire d’usage mais dépend souvent de celui du nom sous-entendu : la Santa Maria de Colomb (caravelle), le France (paquebot), le Spirit of St. Louis (avion de Lindbergh, nom anglais),  La Jamais Contente (première voiture à avoir franchi les 100 km/h en 1899, avec l’article), etc.
Dans votre exemple cela donnerait donc : « Ils embarquèrent tous sur le (la) Sainte Rita. »
NB Dans le cas (fréquent) d’alphabets non latins, on doit regarder de près le contexte de l’ouvrage pour opter entre une reproduction littérale ou une transcription, voire les deux associées : « Le célèbre cuirassé Потёмкин (Potemkine) ».

Rassurez-vous ! La police de la langue n’inflige pas d’amende aux accros de l’accent circonflexe sur le i.
Les amoureux de cocotiers continuent de se délecter de ses saveurs de parasol…

Votre question ironique  recouvre une réalité que ne nous envient pas les locuteurs d’autres langues. Il y a un écart croissant entre le français parlé et celui qu’on écrit : le même son peut se rendre par jusqu’à douze graphies différentes, record mondial.
La prééminence donnée précocement  (Académie dès le XVIIe siècle) à l’écrit sur l’oral a engendré une prolifération de graphies tortueuses et pas toujours représentatives de l’étymologie, que de moins en moins de gens comprennent par défaut d’enseignement du grec et du latin.
Le résultat est un schisme bien connu et le rejet croissant d’une orthographe mandarine qui ne fait que distinguer de prétendus érudits de l’immense majorité de la population, qui n’en a rien à faire.
Pour n’avoir pas su s’adapter,  notre langue s’est mise dans une impasse dont personne ne connait l’éventuelle issue.

Hélas oui, selon la norme académique.
On ne comprendra sans doute jamais pourquoi on n’écrit pas parle-s-en (va-s-y, etc.) en mettant la lettre euphonique entre traits d’union (comme dans chante-t-elle) ce qui serait logique.
Résultat : beaucoup de personnes finissent par identifier ce s avec la forme de l’impératif et les erreurs de conjugaison prolifèrent…

Oui, votre raisonnement est le bon : si le mot n’est pas traduit ni francisé, l’italique est le moyen typographique habituel de le signaler.
Le mot doit conserver ses caractéristiques  graphiques d’origine comme les accents spécifiques ou ici la majuscule dont est doté tout substantif en allemand.
« Il avait fini sa carrière comme Obersturmführer. »

Je réponds comme correcteur : non, l’espace fine (par nature insécable) n’a pas disparu et je l’utilise tous les jours pour des écrits soignés (romans, poésie, etc.).
Mais les logiciels courants de traitement de texte l’ignorent et il faut un effort pour « aller la chercher ».
Par défaut une insécable classique suffit mais est bien nécessaire pour éviter les très laides coupures avec un signe de ponctuation en fin de ligne.

L’Académie met cent ans pour renouveler son Dictionnaire (huitième et dernière édition en 1935) tout en émettant parfois une recommandation contraire : ici, c’est la préconisation d’accentuer normalement un mot étranger (le latin  dans ce cas).
N’attendez aucune cohérence de cet organe, suivez des règles chaque fois que possible : « égo » s’accentue  et s’accorde normalement (des égos), comme tant d’autres mots hérités du latin.
P.S. Si vous tenez à conserver la version latine originale (pas d’accent, pas de pluriel), il est alors logique de mettre le mot en italique comme pour tout mot non francisé.