En typographie classique (celle que je pratique comme correcteur), le nom des véhicules (bateaux, avions, voitures) s’écrit en italique en reprenant la graphie apparente sur la « carrosserie » (valeur de reproduction de l’inscription).
Le trait d’union n’est donc en général pas de mise, sauf s’il figure dans l’original (comme l’article défini qui est en général externe).
Les capitales sont au choix car les noms d’origine sont souvent écrits entièrement en capitales.
Le genre est affaire d’usage mais dépend souvent de celui du nom sous-entendu : la Santa Maria de Colomb (caravelle), le France (paquebot), le Spirit of St. Louis (avion de Lindbergh, nom anglais),  La Jamais Contente (première voiture à avoir franchi les 100 km/h en 1899, avec l’article), etc.
Dans votre exemple cela donnerait donc : « Ils embarquèrent tous sur le (la) Sainte Rita. »
NB Dans le cas (fréquent) d’alphabets non latins, on doit regarder de près le contexte de l’ouvrage pour opter entre une reproduction littérale ou une transcription, voire les deux associées : « Le célèbre cuirassé Потёмкин (Potemkine) ».

Si le nom du saint contribue à la dénomination d’une rue, d’un édifice, d’un ordre religieux, d’une fête, etc., majuscule et trait d’union s’imposent : « rue Saint-Jean ».

La même règle s’applique avec l’adjectif « sainte ». Projet Voltaire

La Sainte-Rita. J’emploierais plutôt l’article féminin, les bateaux n’ayant pas de genre spécifique et le nom étant féminin. Mais on peut le mettre au masculin.

Le correcteur a dû le voir… le Sante-Rita