« Outre que » n’est pas une proposition. C’est une locution conjonctive de subordination.
Elle introduit, comme toutes les conjonctions de subordination, une proposition qui complète la principale.

Prenons l’exemple d’une phrase plus courte :

Outre qu‘entre jeunes gens on ne se gêne pas beaucoup, je désirais tant vous voir aujourd’hui, que je n’ai pas même pris le temps de descendre à l’hôtel (Dumas)

Je désirais tant vous voir aujourd’hui : proposition principale
Outre qu’entre jeunes gens on ne se gêne pas beaucoup  : proposition subordonnée conjonctive additive
que je n’ai pas même pris le temps de descendre à l’hôtel  : proposition subordonnée conjonctive de conséquence

« En outre » est une locution adverbiale signifiant « en plus », « de plus »
Aux beaux jours, la véranda était une merveilleuse pièce à vivre ; elle servait en outre de jardin d’hiver.
« En outre » accompagne le verbe « servir ». Elle servait en plus/ aussi/encore/également de jardin d’hiver.

Si on veut employer une préposition (et non un adverbe) on peut choisir entre :
« En plus de » (locution prépositionnelle)
La maison était grande; en plus des six pièces, il y avait  une véranda.
« outre  » :
La maison était grande; outre les six pièces, il y avait une véranda.
La maison était grande; avec/à côté de/  les six pièces, il y avait une véranda

etc. est l’abréviation de « et caetera » : et les autres choses.
Il faut effectivement une virgule même à la fin d’une énumération de sujets. L’abréviation, de « et cætera » qui signifie « et les autres choses » est justement une façon de couper court à cette énumération et elle se place entre virgules car il ne s’agit pas d’un sujet supplémentaire mais d’une incise.

« Les margaux, les pauillacs, les pomerols, etc., sont des vins de la région de Bordeaux. « 

Cordialement.

Pour votre question 2
Je suppose que par « verbe d’expression » vous entendez « verbe introducteur de paroles ».
Dans les exemples que vous donnez, je ne vois aucun adverbe ni locution adverbiale.
A chaque fois, ce qui suit le verbe et son sujet (inversé), c’est un adjectif, accompagné (modifié), pour les deux derniers exemples, d’un adverbe.
– D’accord, répondit-il, inquiet.  adjectif
– D’accord, dit Pierre, ému adjectif (participe passé du verbe « émouvoir » employé comme adjectif)
– D’accord ? demanda-t-il, un peu gêné. (PP de « gêner », employé comme adjectif) avec adverbe
– D’accord, lâcha Jean, visiblement vexé. (PP de « vexer », employé comme adjectif) avec adverbe.

Et à chaque fois, l’adjectif se rapporte au nom ou pronom qui le précède et dont il est détaché. On place  une virgule  devant l’adjectif détaché, et si nécessaire après.
Pierre, ému, se leva.

Il n’y a aucun rapport entre la virgule et les paroles rapportées et les verbes qui les introduisent.

Mais on peut comprendre votre question ainsi.
Soit cet exemple :
D’accord, dit Jean qui se leva et quitta la pièce.
Faut-il une virgule après le verbe introducteur de paroles et son sujet et la suite du récit.
Pas nécessairement. Il se peut qu’il en faille une mais encore une fois, pour des raisons qui n’ont rien à voir avec les paroles rapportées.
D’accord, dirent les personnes qui se levèrent (seulement celles qui se levèrent)
D’accord, dirent les personnes, qui se levèrent (elles se lèvent toutes)

On peut très bien entendre une phrase comme celle-ci :
Tu sais, il est arrivé, furieux.
Alors elle est arrivée vers moi et, toute gentille, elle ma dit.
Les adjectifs « furieux » et « gentille » sont détachés.

L’utilisation de l’adjectif détaché n’est ni désuète, ni réservée à l’écrit. Ce qui n’a rien d’étonnant puisqu’il a un autre sens que l’adjectif lié.
Cet homme est constamment furieux.
Cette gentille fille me plaît bien.
Les adjectifs sont ici liés.

Simplement :
La locution verbale :  » tirer dans les pattes » signifie  « nuire »
Elles se sont toujours nui =  elles ont toujours nui l’une à l’autre
Elles se sont toujours tiré dans les pattes  = elles ont toujours tiré dans les pattes l’une à l’autre

Ce qui montre bien que :
il n’y a aucun COD
« Se » est Coi
Il n’y a pas d’accord à faire

« Il opère à des changements » n’est pas correct en effet.

Cependant avec un emploi pronominal du verbe « opérer  on peut avoir le sens de « avoir lieu, se produire » :
Des changements s’opèrent

et à la forme pronominale impersonnelle :
Il s’est opéré dans ma fortune particulière un changement inespéré (Maine de Biran,Journal) > TLF

Auriez-vous écrit : partout ce sont le vide et la tristesse ?

Partout, c’est le vide et la tristesse :
« C’est » introduit une définition du terme qui précède. Le « ce » reprend donc « partout » et non ce qui suit « vide et la tristesse »

Le cas est différent de :
Partout, ce sont le vide et la tristesse qui dominent  où la formule d’insistance  « c’est … qui » encadre et se rapporte à « le vide et la tristesse »

On a le subjonctif après une locution impersonnelle qui exprime une incertitude
Il semble qu’ils ne veuillent pas.
Cependant on a l’indicatif quand la locution impersonnelle est accompagnée d’un COI
Il me semble qu’ils ne veulent pas – il vous semble qu’ils sont ennuyés

Cette différence peut étonner mais s’explique par le degré d’incertitude plus grand lorsqu’il y a généralisation (il semble).
Avec la personnalisation la balance penche – l’indicatif le montre- du côté d’une haute probabilité.

On emploie effectivement le subjonctif après « bien que ».

Vous avez sans doute mal choisi votre exemple JeanEustache.
En effet vous opposez « Jérome serein regarde »» et  « Jérome, serein, me regarde » , mais dans le premier cas il faudrait aussi mettre l’adjectif entre virgules.
Comparons plutôt :
1.Le chat, curieux, vint à sa rencontre..
2.Le chat curieux vint à sa rencontre.
L’adjectif est détaché dans le premier cas et dit que la curiosité du chat est circonstancielle, c’est à dire liée à des circonstances particulières.
En 2, la curiosité est une caractéristique permanente du minet. Il est de tempérament curieux.

Certains adjectifs, comme celui que vous avez choisi, indiquent davantage une caractéristique circonstancielle. Est-on serein en permanence ?
D’autre part, on a rarement (sinon jamais, sauf effet particulier souhaité) un adjectif lié (non détaché) après un prénom. Ou alors, on lui accole un déterminant :
La vilaine Claudette est encore venue me voir. 
et jamais : Claudette vilaine se met à son balcon.
Si on place un adjectif après le nom propre, il sera détaché :
Claudette, furieuse, s’en alla.