Jadis il en allait autrement; maintenant tout va en empirant.

Il ne reprend  rien : il est impersonnel (on ne pourrait le remplacer par « elle ».
« Il en va » est une locution verbale impersonnelle. « En »  appartient à cette locution.

C’est bien comme cela, puisque le fait perdure.

Le verbe « aimer » en français recouvre un très large spectre sémantique.  Il désigne aussi bien un goût qu’une affinité, qu’un sentiment plus ou moins profond jusqu’au sentiment d’amour.
J‘aime le bleu – j’aime la glace au chocolat – j’aime ce livre – j’aime mes enfants – j’aime cet homme.
L’adverbe « bien » qui est un adverbe d’intensité, parfois d’appréciation, atténue ce verbe, ce qui n’est pas le cas des autres verbes : il parle bien – il se tient bien : ici l’adverbe apporte une idée d’appréciation.
J’aime bien signifie j’aime assez , un degré inférieur à j’aime beaucoup qu’il s’agisse d’objets ou de personnes.

J’aime est plus fort que j’aime beaucoup quand l’objet est un être vivant. Il a une valeur d’absolu.

Alias est un adverbe latin, signifiant « autrement », « ailleurs ». Après un nom propre, introduit un nom, un surnom sous lequel une personne est également connue ou sous lequel elle se dissimule ; après un pseudonyme, introduit le nom propre. Jean Valjean, alias M. Madeleine. Jacques Collin, alias Vautrin, […] – TLF

Le mot est d’usage courant et  ne nécessite pas d’être signalé par des guillemets ou des italiques.

Alors, dis-moi, d’où vient cette caresse, cette fraîcheur, cette musique, cette voix?
Si le verbe est au singulier, c’est que les trois noms désignent une même chose, que l’énonciateur, peut-être, cherche à définir.
Si le verbe est au pluriel : Alors, dis-moi d’où viennent cette caresse, cette fraîcheur, cette musique, cette voix ?, c’est qu’il perçoit plusieurs éléments.

Les deux phrases sont donc correctes selon le sens.

l’affaire dite de l’Ingénieur signifie L’affaire appelée  de l’ingénieur
« Dit »  a le sens de appelé, nommé

L’affaire des bijoux de la Castafiore > l’affaire dite des bijoux de la Castafiore

Ou bien avec des guillemets : l’affaire dite « de l’Ingénieur » – l’affaire dite « des bijoux de la Castafiore »

Verbe bégayer ? – Conjugaison du verbe bégayer à la forme interrogative

Il n’y a aucune raison pour que l’incise fonctionne différemment que l’inversion de l’interrogative.

Des montagnes atteignant six mille mètres de haut, qu’on aurait cru pouvoir toucher d’un jet de pierre.

qu’on aurait cru pouvoir toucher d’un jet de pierre = on aurait cru pouvoir les toucher d’un jet de pierre.
Le pronom relatif « que » reprend bien « montagnes », il est bien COD, mais il est COD du verbe « toucher » et non du verbe « croire ».
Le verbe croire » n’ayant pas de COD, reste invariable. On peut analyser « pouvoir toucher …pierre » comme le COD de « croire » (placé après et neutre)

Comparez avec : ces filles mentent tellement souvent que je ne les ai pas crues.

Faire est ici un semi-auxiliaire. Il n’a pas valeur de verbe mais sert au verbe qui suit. C’est pourquoi l’accord ne se fait pas.
Voyez la différence.
Le verbe = confectionner – effectuer
 J’ai fait une tarte ce matin – j’ai fait une surprise à mon collègue –
C’est la tarte que j’ai faite ce matin – c’est  la surprise que j’ai faite à mon collègue
L’auxiliaire
Ce maladroit a fait tomber l’assiette – elle s’est fait disputer
C’est une assiette que ce maladroit a fait tomber – c’est elle qui s’est fait disputer

Bien que je comprenne que le contrôle de l’équipement puisse être difficile, je suis préoccupé par le fait que la sortie ait eu lieu malgré cette lacune. La difficulté est envisagée c’est une hypothèse
Bien que je comprenne que le contrôle de l’équipement peut être difficile, je suis préoccupé par le fait que la sortie ait eu lieu malgré cette lacune. La difficulté est une possibilité reconnue.

La différence est bien sûr une nuance. En contexte, on choisit pourtant spontanément l’un ou l’autre mode.
La 2, avec le subjonctif répond peut-être à des doléances précises  sur la difficulté d’un travail, et la possibilité de cette difficulté, voire sa réalité,  est reconnue ; ce qui n’est peut-être pas le cas en 1 ou  le locuteur concède (peut-être même à contre-coeur)  de l’envisager.