Bien que je comprenne que le contrôle de l’équipement puisse être difficile, je suis préoccupé par le fait que la sortie ait eu lieu malgré cette lacune. La difficulté est envisagée c’est une hypothèse
Bien que je comprenne que le contrôle de l’équipement peut être difficile, je suis préoccupé par le fait que la sortie ait eu lieu malgré cette lacune. La difficulté est une possibilité reconnue.

La différence est bien sûr une nuance. En contexte, on choisit pourtant spontanément l’un ou l’autre mode.
La 2, avec le subjonctif répond peut-être à des doléances précises  sur la difficulté d’un travail, et la possibilité de cette difficulté, voire sa réalité,  est reconnue ; ce qui n’est peut-être pas le cas en 1 ou  le locuteur concède (peut-être même à contre-coeur)  de l’envisager.