À noter que « Spaghetti » est déjà un pluriel en italien. (singulier « Spaghetto »).
Le pluriel français est bien utilisé pour parler de pâtes alimentaires « Nous avons mangé des spaghettis« .

En revanche, quand il est mis en apposition, on le trouve la plupart du temps au singulier chez de nombreux référents, notamment le CNRTL :

En appos., péj., fam., CIN. Western* spaghetti. P. ell. Les films X? Aucun problème. Ils sont presque tous au menu des éditeurs et des revendeurs. Puis aussi les films d’aventures, les grands classiques, les spaghetti vite torchés, les péplums en technicolor (Le Nouvel Observateur, 2 févr. 1981, p. 7, col. 2).

« Se demander à soi-même »  est un pléonasme, car « SE » signifie déjà « à soi-même« .
Vous ne diriez pas « Je me demande à moi-même si j’ai bien fait  « , n’est-ce pas ?

Ma suggestion  : S’ils avaient agi ainsi, ils se seraient demandé si ça avait du sens.

Vous avez raison, c’est le genre de verbe sur lequel on peut avoir envie de vous tester dans un exercice ou une dictée, notamment à cause des deux « S » après le « N ».
Et vous avez raison, selon les règles de concordance des temps on écrit bien :
Je veux que tu viennes.
Je voudrais que tu vinsses.

Même si vous vous intéressez seulement au problème d’accord, le contexte, le sens et la syntaxe de la phrase ont une  importance majeure.
Si vous voulez dire « Les deux années pendant lesquelles j’ai attendu (cette promotion / que ma vie change, …), vous pouvez éventuellement écrire
« Les deux années OÙ j’ai attendu« .

Effectivement, « J’y en ai   » fait vraiment un peu mal aux yeux et aux oreilles, mais je n’ai pas trouvé de confirmation que cette tournure est erronée.

Malgré tout, je ne comprends pas l’exemple donné par Joëlle « J’y en ai emprunté  »  qui semble venir contredire l’avis qu’elle donne…

Même si la phrase n’est pas belle, il me semble que l’on pourrait dire :
Ce restaurant fait le meilleur ragoût de la ville. J’y en ai mangé.
Tu as des livres anciens dans ta bibliothèque ? Oui, j’y en ai quelques-uns.
J’ai toujours fait mes enfants chez moi, dans mon lit. J’y en ai fait trois.

Pour votre deuxième question, dans la phrase « Je l’y ai laissée », aucune combinaison avec « en », ni règle particulière.

Mes suggestions
Elle avait bien le temps, avant de prendre une telle décision.
Elle avait bien le temps d’y penser, avant de prendre une telle décision.

Il y a une différence de sens entre les deux tournures.
Tout d’abord je vous suggère le passé simple plutôt que l’imparfait pour votre narration.
J’arrivai à la gare –> devant la gare.
J’arrivai dans la gare –> à l’intérieur de la gare.

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On peut utiliser les deux tournures, en fonction du sens de la phrase :
J’ai gardé beaucoup de photos d’amis rencontrés au cours de mes voyages.  (d’amis en général, au hasard de mes voyages)
J’ai gardé toutes les photos des amis que je me suis faits à la fac. (des photos de ces amis-là en particulier)

Impératif présent du verbe « Profiter » :
Profite / Profitons / Profitez
N’en profite pas / N’en profitons pas / N’en profitez pas

Votre confusion vient du fait que, au présent de l’impératif, à la deuxième personne du singulier, les verbes du premier groupe se terminent par un “E“». Aussi, pour des raisons d’euphonie, on ajoute à ces formes un “S“ quand elles sont suivies de pronoms adverbiaux, comme “en“ ou “y“.
On les lie alors au verbe par un trait d’union, par exemple: «Vas-y», «Profites-en».

Petite précision :
« Hey ! «  est une onomatopée anglo-saxonne. En français, on écrit Eh ! / Hé ! (selon le contexte).

Personnellement j’opterais pour le pluriel, également pour « effrayés », dans votre première version, puisque vous mettez l’accent sur « tous ces gens » :
Tous ces gens avaient l’air (paraissaient) effrayés.