Si vous utilisez « on » avec une valeur de pluriel féminin (au sens de « nous ») alors il faut écrire : Comment pouvait-on être ignorées des humains.
Sinon, il est neutre et le neutre en français est marqué par le masculin : Comment pouvait-on être ignoré des humains. Sa valeur est généralisante.

SI vous voulez marquer le féminin singulier, il vous faut un pronom personnel : Comment pouvait-elle/pouvais-je être ignorée des humains.

La chose qu’il est devenu.

Il est sujet – que est attribut et non COD  : le participe passé construit avec être s’accorde avec le sujet.

C’est une des premières phrases qu’il m’ait/m’a dites.
Avec l’indicatif vous marquez le réel  : il m’a dit des phrases et celle-ci est une des premières.
Avec le subjonctif, vous déplacez l’attention. Ce n’est plus d’exprimer le réel qui vous importe, mais de souligner l’idée
La nuance est très fine, mais il y en a une.

Je ne peux que confirmer ce que vous dites. On a le choix. Il y a une nuance, mais, seul vous, pouvez choisir. On peut insister sur l’absence totale de convictions et d’ambitions quelles qu’elles soient, ou bien opter pour le singulier.

à cause des légères complications que cela a entraînées

Le COD est « que », pronom relatif dont l’antécédent est « complications » et qui prend son genre et son nombre >> accord avec le COD placé avant.

Il faut reformuler :
Elle espéra ne s’être point trompée, car si le frère avait été une sœur, cela aurait/eût déçu la petiote.
Pour l’emploi des temps : vous pouvez employer le conditionnel passé « aurait déçu », ou le conditionnel passé 2e forme comme vous le faites « eût déçu » .
Il ne faut pas employer le passé simple pour le verbe être mais le plus que parfait* si.. avait été, et non si…fut .
*le plus que parfait a une valeur d’irréel dans le passé.

Voici la phrase au système du présent : Elle espère ne  s’être point trompée, car si le frère était une sœur, cela décevrait la petiote.

Mon frère me l’a envoyée.
Le pronom « la » (|l’| est COD du verbe et placé avant lui : le participe passé s’accorde avec lui (féminin singulier).

Il n’a pas écrit son poème avec l’ambition de le voir décortiqué par des élèves.
On a là une forme passive  – en changeant de verbe cela devient évident :
Il n’a pas écrit son poème avec l’ambition de le voir lu par des élèves.
Par des élèves : élèves est l’agent complément puisque introduit par la préposition  « par ».
La forme passive habituelle, ou plutôt  celle qui est enseignée prioritairement est celle-ci : Il n’a pas écrit son poème avec l’ambition qu’il soit décortiqué par des élèves.

L’hésitation à ce propos vient du fait que nous avons affaire à un présentatif qui n’accepte pas toutes les personnes :
C’est un oiseau que tu regardes.
Ce sont des oiseaux que tu regardes.
C’est moi/toi/nous/vous que tu regardes (et non : ce suis moi/ c’es toi/ce sommes nous/c’êtes vous )
Et donc, c’est eux, c’est des oiseaux est très acceptable.
Remarque : ce sont eux est un peu « forcé » et l’oral s’en débarrasse au profit de c’est eux.

La présence de savoir devant le verbe concerné est déterminant : il place le fait dans le réel du locuteur (celui qui dit nous). C’est donc l’indicatif qui est requis.
Nous sommes ravis de savoir qu’il va bien
—
Si la subordonnée était sujet d’un autre verbe, ce serait différent :
Qu’il aille bien nous ravit.
En effet le verbe de la subordonnée sujet est toujours au subjonctif.