La raison : sujet du verbe quitter. | L’  | est le COD
Ce peut être :
l’ = le (COD) : la raison l’avait quitté
l’ = la  (COD) : la raison l’avait quittée

Il s’agit ici de l’emploi du pronom qui sans antécédent. Il s’agit d’un neutre qui a le sens de « celui-qui ». Il peut avoir les fonctions du nom. Mais il doit se rapporter à un verbe.
Ici il ne peut se rapporter au verbe « s’ensuivre ». Il faut lui en donner un :
Il fit signe au serveur pour qu’il apporte la note et une petite dispute amicale s’ensuivit : c’était à qui réglerait l’addition.

je voudrais savoir s’il est normal qu’on m’ait demandé de la repasser auprès de votre organisme.
Quel que soit le genre de « me » il ne peut y avoir accord du PP avec lui parce qu’il n’est pas COD mais COI : >> qu’on ait demandé à moi.

Les nuits, même en Provence, commencent à se faire fraîches à cette époque de l’année.

Fraîches se rapporte à « nuits » : l’adjectif est attribut. L’accord se fait avec ce nom.

De truc, il n’y a pas.  Le choix entre subjonctif et indicatif ont fait et font encore couler beaucoup d’encre.
Voici mon analyse (après un certain nombre de lectures à ce sujet, cela va de soi)
Parfois, le subjonctif est nettement requis, parfois l’emploi de l’indicatif ne fait aucun doute. Le choix de l’indicatif, qui établit des faits, ou du subjonctif, qui place les procès sous une subjectivité, dépend de l’angle de vue, de la « position psychologique » du sujet.

Il arrive assez souvent que, comme dans les phrases que vous donnez, et vous avez pu le voir dans les réponses qui vous ont été faites, les deux modes sont/soient possibles.

Pour le choix du subjonctif, par exemple, parfois seulement certains éléments qui précèdent le verbe concerné éclairent sur cette position : par exemple certains verbes introducteurs (souhaiter, vouloir…) la forme négative, le type interrogatif, la présence d’un superlatif…
Pour l’indicatif aussi existent des indices : le verbes introducteurs exprimant la certitude, par exemple, déclenchent son emploi.

Parfois Il n’y a pas d’éléments « visibles » dans la phrase. Le choix est laissé à l’appréciation du locuteur. Veut-il présenter le procès comme un fait, en faire une information ? Indicatif. Subordonne-t-il le procès à l’expression de sa subjectivité  ? Subjonctif.
Prenons cet exemple :
Ce garçon est le plus beau des garçons que j’ai connus. : deux faits  sur le même plan : supériorité de la beauté du garçon / j’ai connu un certain nombre de garçons
Ce garçon est le plus beau que j’aie connu : un fait : supériorité de la beauté + une pensée : si je le compare à ceux que j’ai pu connaître, il peut y en avoir d’autres pour lesquels la supériorité de ce garçon n’est pas avérée

Je dois préciser que certaines grammaires normatives dictent l’emploi de l’un ou l’autre mode et ont une position rigide quant à leur emploi; ceci me semble précisément contraire à l’esprit de la langue en tarissant la source de nuances qu’offre précisément ce choix.

De, dans le sens propre, sert à marquer Un rapport de départ, de séparation, d’extraction, de dérivation, d’origine, etc.  Dictionnaire de l’Académie
(« du » = « de le « )
Le TLF : La condition préalable est un moyen à partir duquel une chose a ou peut avoir lieu] De marque le moyen, l’instrument ou l’intermédiaire. Il signifie « à l’aide de » et entre en concurrence avec par et avec.

On a donc là un emploi tout à fait justifié dé la préposition.

(je) ne bois, pour les accompagner, que du flacon innommé, qui renferme de l’eau.
Ici « du » signifie : à partir du

Comme il me semble que le dernier délai pour envoyer les papiers est aujourd’hui, est-il possible de demander aussi les noms des élèves.
« Comme » est correct. Il exprime ici la cause et convient mieux, dans cette phrase, que « parce que » (qui est lui, plus insistant).

Il existe différentes manières de travailler mais il n’en est pas qui soient aussi efficaces que celle-ci.
Je choisirais le pluriel. Sinon on dirait plutôt :
Il existe différentes manières de travailler mais il n’en est pas  une qui soit aussi efficace que celle-ci.

En est ici un pronom qui reprend « manières »  et qui a le sens  de « parmi les autres manières »

Si le sujet est féminin l’accord du PP se fait ainsi : je me suis rendue…

Sauf pour quelques verbes, la règle d’accord du participe passé des verbes pronominaux de sens indistinct * est la même que celle des verbes essentiellement pronominaux : le participe passé s’accorde avec le sujet. BDL
*Dans les verbes pronominaux de sens indistinct, le pronom réfléchi n’occupe aucune fonction syntaxique

Comme vous le dites (citation du Littré) : on ne voit pas pourquoi, en un mot purement technique, l’Académie adopte l’orthographe barbare isocèle, et rejette l’orthographe étymologique et correcte isoscèle..

On peut quand même imaginer que l’Académie a fini par accepter l’orthographe que l’usage avait choisie, orthographe plus simpl. Beaucoup de lettres devenues inaudibles ont disparu au cours du temps. L’ancien français écrivait « hospital » ou « ospital ». Certes en ce cas l’accent circonflexe rappelle une prononciation ancienne mais dans d’autres mots, il vient de tomber récemment (paraître devient paraitre par exemple).
Il est vrai que beaucoup de mots ont gardé les vestiges d’une forme ancienne, d’autres se sont vu rajouter des lettres faussement étymologique (le célèbre « doigt » par exemple).
Pourquoi ne feriez-vous pas une petite recherche pour détecter les mots qui ont perdu une lettre non prononcée ? Je suppose que vous en trouveriez un certain nombre.