Pour votre deuxième question, on accorde aussi : cela vous a surprises.
Une étude montre qu’à l’oral, les femmes n’accordent majoritairement pas le participe passé de surprendre avec le pronom les désignant : ça m’a surpris, ça nous a surpris, ce qui s’est passé. Mais les règles académiques commandent de faire l’accord : ça m’a surprise, ça nous a surprises.

C’est pareil. Le Grevisse dit simplement que l’un est « relâché » et l’autre « soigné ». Il utilise le mot « introducteur » pour désigner « est-ce que ».

Si on respecte la règle « Le nom zéro prend un s au pluriel au besoin, contrairement aux autres numéraux cardinaux » (http://bdl.oqlf.gouv.qc.ca/bdl/gabarit_bdl.asp?id=3642), on écrit : le nombre 808080 contient trois huit et trois zéros.
Personnellement, dans un contexte de mathématiques, je n’aurais pas accordé non plus « zéro », le « chiffre zéro », « les chiffres zéro », mais il semble qu’il faille pourtant le faire.

« Ne t’inquiète pas, s’ils s’en sortaient, ils vivraient ici ». Vous écrivez bien « s’ils s’en sortaient », avec un « si » suivi d’un imparfait. C’est cette proposition subordonnée qui marque la condition, et vous respectez bien la règle. Vient ensuite la proposition principale, qui se met bien au conditionnel. Votre phrase est bien construite.

Mais le premier verbe au présent « ne t’inquiète pas », semble montrer que la phrase n’est pas théorique (s’il parlait, je lui répondrais), mais envisage plus concrètement une possibilité pour le futur (s’il parle, je lui répondrai). Je privilégierais donc « Ne t’inquiète pas, s’ils s’en sortent, ils vivront ici ».

si + imparfait, suivi de conditionnel
si + présent, suivi de futur

« From the oval-shaped flower-bed there rose perhaps a hundred stalks spreading into heart-shaped or tongue-shaped leaves half way up and unfurling at the tip red or blue or yellow petals marked with spots of colour raised upon the surface. »
J’y vois des pétales de trois couleurs simples, tous marqués de points de couleur. Il n’y a pas de « jaune tacheté », et cette difficulté d’accord ne devrait pas se poser.

Les confréries folkloriques mettent des majuscules partout : il est Chevalier de la Grande Confrérie du Cassoulet, le Grand Maître de la Grande Loge.
Les vrais métiers, avec leurs grades ou indications de diplômes, ne prennent pas de majuscules : maître verrier.

Si dans votre cas « maître parfumeur » ne correspond ni au métier de la personne ni à une réelle qualification, mais est un titre honorifique comme vous l’écrivez, la majuscule permet de lever l’ambiguïté. Il est maître parfumeur, c’est son métier. Le maire de la ville a été intronisé Maître Parfumeur par la confrérie.

Plus ça a de sens, plus on les prend au sérieux, et moins on met de majuscules. Dans de vraies phrases contextualisées, c’est peut-être mieux de ne pas mettre de majuscules, pour respecter les codes typographiques qui en recommandent tous un usage modéré (maître, docteur, commandeur, officier). Mais dans votre cas, je mettrais des majuscules.

Et / ou
En situation d’hypothèses portant sur les deux termes séparément, il faut obligatoirement utiliser la conjonction « ou » plutôt que « et » : en cas de pluie ou de gel… et non : en cas de pluie et de gel… Sinon, vous devez répéter la condition : en cas de pluie et en cas de gel.
Donc vos hypothèses nécessitent « effet ou situation ».

Tout
« Tout » est par fonction singularisant. Le verbe ne peut donc s’accorder qu’au singulier.
Après « tout », vous ne pouvez utiliser que « ou », jamais « et » (cohérent avec le paragraphe précédent).
En utilisant « ou », même si vous estimez qu’il est inclusif, le mot « tout » singularise à partir d’un pluriel, et le verbe sera obligatoirement au singulier.

Les termes coordonnés
Pour utiliser « ou » avec « tout », il faut deux termes proches (et selon moi les deux au masculin) : tout conseil ou avis sera bienvenu.
Il y a peut-être un problème ici : le sujet de « aurait » est mal construit.
Tout homme ou véhicule : non
Tout homme ou enfant : ça passe (= tout homme, indépendamment de son âge)
Tout homme ou femme : j’éviterais
Donc, « tout effet ou situation » ne me semble pas correct. Mais si vous l’acceptez quand même, ça reste du singulier.

Solutions
L’idée consistant à mettre l’adjectif « tout » au pluriel serait mauvaise. Il est fait pour extraire un singulier d’un pluriel, et perd son sens au pluriel : tous hommes sont… tous homme ou femme sont…
Vous devez donc :
* soit supprimer le « tout » singularisant et écrire les termes au pluriel (et le verbe sera forcément au pluriel) : signaler les effets ou les situations qui auraient…
* soit répéter l’adjectif « tout » servant de déterminant (et le verbe pourra être accordé au pluriel avec un ou inclusif) : signaler tout effet ou toute situation qui aurai(en)t…

Sinon, les verbes sont très mal choisis, et la deuxième occurrence du mot pharmacovigilance vient peut-être d’une erreur de copie pour dire incompatibilité ? la répétition est étonnante.

Avant le repas, dites : Ça fait longtemps que je n’ai pas mangé de choucroute.
Après le repas, dites : Ça faisait longtemps que je n’avais pas mangé de choucroute.
Pendant le repas, abstenez-vous d’aborder le sujet.

Le mélange présent + plus-que-parfait est également possible. Il faut que la longue période vienne juste de se terminer.
Après le repas : Ça fait longtemps que je n’avais pas mangé de choucroute.
Il y a longtemps que je n’avais entendu cette phrase, longtemps qu’elle ne m’avait donné le bras. (Balzac)
Il y a longtemps que je n’avais touché d’aussi beaux habits. (Hugo)
Il y a longtemps que j’avais prévu tout cela. (Daudet)

Votre exemple de phrase et votre question sur les règles à appliquer appellent deux réponses.
D’une part, pour votre cas concret, une seule règle s’applique, et vous devez accorder.
D’autre part, plus généralement, les deux règles que vous évoquez peuvent-elles parfois se contredire ? Oui.

Règle A : on accorde le PP selon qu’il y a ou non un cod après le verbe.
A1 : un cod après le verbe, donc le pronom joue le rôle de coi : Elle s’est lavé les mains.
A2 : pas de cod après le verbe, donc le pronom joue le rôle de cod : Elle s’est lavée.
Règle B : on accorde le PP selon que le cod placé avant le verbe est ou non l’agent de l’infinitif.
B3 : le cod fait l’action : Cette chanteuse, il l’a entendue chanter.
B4 : le cod ne fait pas l’action : Cette chanson, il l’a entendu chanter.

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C’est la règle A qui s’applique dans votre cas.
La question de savoir si le verbe est essentiellement pronominal n’importe pas. D’ailleurs « remettre » ne l’est pas. L’ouvrière, je l’ai remise au travail. Je me suis remise au travail. Je l’ai remise à travailler. Je me suis remise à travailler. Et si ça ne fonctionne pas avec « à parler », c’est pour une question de sens et non pas de nature du verbe. C’est pourquoi vous ne trouverez pas « se remettre » dans une liste de verbes essentiellement pronominaux. Avec ce verbe utilisé parfois pronominalement, ce qui compte est de voir s’il y a un cod à suivre. Dans votre cas il n’y en a pas (vous n’avez rien remis), c’est donc la règle A cas 2 qu’on applique.
Je me suis remise à parler.
Avec d’autres sens et d’autres constructions du verbe « remettre », on continue à appliquer la règle A. Les phrases « je me suis remise » (sens rétablir), « je me suis remise debout » ou « je me suis remise à mon poste de travail » (sens replacer), « je me suis remise à travailler » (sens recommencer), je me suis remis le travail comme objectif (sens redonner), « je me suis remis une médaille » (sens décerner)… font appel à des sens différents du verbe mais avec des catégorisations de nature du verbe parfois floues. Il faut simplement appliquer la règle A sur la construction de la phrase,  car on ne peut pas vraiment déduire la nécessité d’un accord d’une supposée nature intrinsèque du verbe, au risque de tomber sur l’exception.

Pour ce qui est de la règle B (PP + infinitif), elle ne s’applique pas ici, à cause du « à » dans « se remettre à parler ». Le verbe « (se) remettre » ne peut pas, malgré ses différents sens et ses différentes constructions, être suivi d’un infinitif. La question de savoir comment appliquer la règle B ne se pose donc pas.

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Mais vous avez raison, il y a des cas où les deux règles considérées en même temps s’opposent.
Dans le cas A1, la règle B est sans objet, puisqu’il n’y a pas de cod placé avant le verbe (le pronom ne joue que le rôle de coi).
Dans le cas A2 (le pronom joue le rôle de cod donc on accorde), comment appliquer la règle B ?
Si le cod fait l’action (cas B3), les deux règles vont dans le même sens, celui de l’accord.
Si le cod ne fait pas l’action (cas B4), les deux règles s’opposent.
Rares sont les verbes qui permettent de s’en apercevoir. Le verbe « voir » en fait partie.
* A2+B3 : le pronom joue le rôle de cod / ce cod fait l’action = les 2 règles vont dans le même sens, l’accord.
— Elle s’est vue donner une leçon à Paul (elle s’est vue elle donc accord, et c’est elle qui donnait une leçon donc accord).
* A2+B4 : le pronom joue le rôle de cod / ce cod ne fait pas l’action = les 2 règles s’opposent.
Elle s’est vu(e) donner une leçon par Paul (elle s’est vue elle donc accord, et c’est Paul qui donnait une leçon donc pas d’accord). Alors on choisit son accord librement, selon qu’on insiste sur le résultat (elle est vexée) ou l’action (Paul a crié).

Le verbe suivant « nombre de » (sans article) est obligatoirement au pluriel (1ère, 2ème ou 3ème personne selon le sujet).