Voici l’extrait du Bon Usage qui répond à ma question.
903 « L’agent de la proposition infinitive objet direct. »
a) « Lorsque l’infinitif se présente sans objet direct, son agent se met normalement à l’accusatif. »
Exceptions : « Parfois, après faire, laisser et voir, l’infinitif sans objet direct a son agent au datif. » Suivent des exemples (pour lui faire renoncer à son projet… cela lui laissait espérer dans la clémence de… comme on leur voit faire…).
b) « L’infinitif a un objet direct. »
1° « Après faire, en général l’agent se met au datif. »
Exceptions : « Quand l’agent est exprimé par un pronom personnel, celui-ci se met parfois à l’accusatif. » Suivent des exemples (des douceurs qui la faisaient bénir Dieu… ces nouvelles les firent précipiter leur départ… impossible de le faire aborder ce sujet…).
2° « Après un autre verbe que faire, l’agent se met à l’accusatif ou au datif… »
Suivent des exemples des deux formes (je l’entends remuer la casserole… je lui ai entendu dire que…)

Le cas qui m’intéressait est donc le 903 b) 1°. Si l’infinitif a un cod, l’agent se met en général au datif, mais les exemples montrent que l’accusatif est également possible.

Pour ma deuxième question, je pense que l’application de la règle me donnerait le choix entre :
— Je lui ai fait changer son avis. (l’infinitif a un cod, donc pronom au datif)
— Je l’ai fait changer d’avis. (l’infinitif n’a pas de cod, donc pronom à l’accusatif)
Mais Pierre Benoit n’applique pas cette règle :
— Si vous croyez que c’est commode de lui faire changer d’idée.

Pour la question des nuances, que je posais à la première ligne, je vais ouvrir une nouvelle question.

Temps composé avec auxiliaire avoir.
On n’accorde pas avec le sujet (« les autres ») ;
ni avec le coi (« nous » mis pour « à nous ») ;
mais avec le cod placé avant le verbe (« ce que »).
« ce que » est neutre (ou masculin singulier),
–> ce qu’ils ont affirmé
–> ce que les autres nous ont affirmé
(mais : les choses que les autres nous ont affirmées)

J’ai mis ma réponse à Prince avant de voir la réponse de joelle. Je vais essayer de mélanger les quatre morceaux de réponses pour en faire une.

Parallèlement, je suis allé sur d’autres sites, qui disent que globalement, pour la seule raison que « appliquer » a un cod (la loi), le pronom doit être « lui ».
Je le fais boire. / Je lui fais boire du thé.
Pronom accusatif ou pronom datif selon le cas, mais même fonction d’agent.
Je le fais obéir à la loi. / Je lui fais respecter la loi.
Je le fais travailler. / Je lui fais travailler ses gammes.
Je comprends bien ce principe, du moins je l’admets. Mais je vois aussi d’autres constructions (avec « le » et non « lui ») malgré un cod à l’infinitif (et joelle fait ici également cette entorse à ce que disent les sites de grammaire que j’ai lus).
Je vais aller demander ailleurs, je reviendrai vous dire.

Merci,

Pour le premier exemple, si vous parlez de la fonction cod ou coi du pronom par rapport au verbe « appliquer », moi j’y trouve plutôt un rôle de sujet (votre « par » suggère d’ailleurs un complément d’agent plutôt qu’un coi).

Pour le deuxième exemple, merci si quelqu’un a une réponse à me proposer.