Oui, vous avez tout à fait raison.

Hmmm, ce qui vous conduit à voir une équivalence entre la construction il y a que et l’aspect problématique, ce n’est pas la présence du présentatif, mais le contexte extra-linguistique. Ici, le présentatif équivaut à il se passe, et le il y a que répond à une question formulée explicitement ou non Qu’est-ce qu’il y a / Qu’est-ce qu’il se passe ? >>> Il y a  que / Il se passe qu’elle ne m’a pas encore appelée.
Dans un autre contexte, pas de problème : Il y a que je suis super heureux ! Le problème c’est que je suis super heureux !

Il marque l’irréel (du présent ou du futur), avec la proposition conditionnelle qui est sous-entendue :
Quand je bêche mon jardin, (si on me le demandais / si on me proposait de l’argent / etc.) je (ne) donnerais pas ma place pour pour un empire.

La complétive est COI (puisqu’on dit : prévenir quelqu’un de quelque chose), par conséquent il faudrait dire : C’est ce dont (nous) prévient Météo France.

Si les sujets juxtaposés forment une gradation, l’accord avec le dernier est en effet possible, cependant l’accord avec l’ensemble l’est également. Reste à déterminer si dans votre cas les sujets forment bien une gradation ; il me semble que oui.
(Voir sur cette question par exemple ce site.)

Notez que se sentir peut être suivi d’un infinitif : Je me sens mourir, revivre, pousser des ailes, etc., qui équivaut à Je sens que je X. Ainsi, vous pouvez dire Je me sens fatiguer :
Je me sens fatigué = Je sens que je suis fatigué ; avec le participe > on a un état.
Je me sens fatiguer = Je sens que je fatigue ; avec l’infinitif > on a un processus.

Avec épuiser, ça ne fonctionne pas, parce que ce verbe est transitif direct :Je sens que j’épuise.

Pas de réponse univoque, tout dépend du contexte, exemples :

L’école du quartier organise un concours de décoration de citrouilles, elle l’organise en partenariat avec l’association des citrouillophiles avertis.
le = l’école organise ce concours (= celui que l’on vient de mentionner).

L’école du quartier organise un concours de décoration de citrouilles, elle en organise un tous les ans en partenariat avec l’association des citrouillophiles avertis.
En + un = l’école organise un concours de ce type.

Et le pronom en peut bien sûr tout à fait avoir la fonction de COD. Ce qui fait que certains (et donc pas tous) défendent le non accord dans ce cas, c’est que : (Extrait du  Bon Usage.)

Non, ce qui est vu de l’extérieur, c’est que l’avertisseur sonore des véhicules de la gendarmerie peut donner l’impression que nous avons des passe-droits.

ni avaient eus, ni avait eu, mais avait eus.

L’auxiliaire s’accorde en nombre avec le sujet, le sujet est la formation (singulier) >>> avait.(auxiliaire au singulier).
Quand il y a un COD placé avant l’auxiliaire, le participe s’accorde en genre et en nombre avec le COD. Ici il y a bien un COD – les changements positifs (masculin + pluriel), il est placé avant l’auxiliaire >>> eus (participe au masculin pluriel).

Oui vous le pouvez, puisque les bénévoles est le sujet (postposé) de la phrase*. Cependant, l’accord avec l’attribut (en position de sujet) est possible voire préférable, en tout cas préféré (voir par exemple cet article qui traite de la question).

* Qu’est-ce qui est la principale caractéristique de ce projet. > Les bénévoles.
   Qu’est-ce qui est les bénévoles ? > La principale caractéristique de ce projet.

[Sinon, peut-on vraiment dire que des bénévoles soient la principale caractéristique d’un projet ?]