s’acquiert au travers des nouveaux circuits neuronaux qu’on y aura établis = accord de établis avec le COD placé avant « circuits neuronaux ».
==> Ne pas se laisser troubler par « y » qui est CC de lieu.

Mais, tout cela était-ce le simple fruit de son imagination, ou cela s’était-il réellement passé hier soir ?
Bof  ==> je mettrais « tout cela était-il » pour éviter la répétition des pronoms démonstratifs « cela » et « ce »….

Mais,  tout cela était-ce le simple fruit de son imagination, ou était-ce un fait réellement passé hier soir ? Trop lourd pour les mêmes raisons et « un fait réellement passé hier soir », je dirais un fait « survenu » hier soir.

Proposition : 
Mais,  tout cela était-il le simple fruit de son imagination ou s’était-il réellement passé hier soir ? suppression de cela.
Mais,  tout cela était-il le simple fruit de son imagination ou un fait (réellement) survenu hier soir ?

Vaut-il mieux …
lequel faut-il utiliser ou vaut-il mieux ?
Il me semble que les références que vous donnez peuvent être suivies.

Aujourd’hui, le tiret moyen est plus utilisé que que le tiret long (cadratin). 

Voici, un lien.
Je ne pense pas que le tiret soit assimilable à la parenthèse.

mais c’est faux : elles ont réservé un grand cru de Paris, le COD est placé avant…
Le pronom « se » est COI : elles ne se sont pas réservé… elles-mêmes.
donc … c’est le grand cru que les brigades s’étaient réservé.

C’est par an, par jour = pour un an ou pou un jour.
S’il y a un pluriel, c’est une faute !

c’est ce que l’on fait / nous faisons chez…
si vous y êtes.
c’est ce que font… si vous n’en faites pas partie où que vous ne souhaitez pas vous inclure.
attention : ne pas additionner « dont » et « en ».
c’est ce dont on a parlé.

je ne comprends pas pourquoi vous mêlez passé composé et plus-que-parfait (j’avais bien compris) ou encore l’imparfait (c’était évident, ce n’était pas utile).
Il faut avoir une intention pour situer les actions dans le temps les unes par rapport aux autres.

Dans une pièce, se trouvait une femme attrayante par la chemise qu’elle portait et dont la manche retroussée remuait à mesure qu’elle tapait au clavier et s’arrêtait pour lire son texte.

En fait, il peut y avoir une équivoque car il y a femme et chemise, qui peuvent être reprises par « elle », mais ici c’est quand même clair.

Je tire la couverture sur moi et y fourre ma tête.
ou
Je tire la couverture sur moi et m’en enveloppe la tête.