Les cheveux noir de jais.
Puisque ‘noir » a un complément, il faut comprendre ‘d’un noir de jais’. ‘Noir’ est donc un nom et un nom ne s’accorde jamais. Seul l’adjectif s’accorde.

De la même façon  : ‘les yeux bleu foncé’, ‘bleu’ est un nom puisqu’il a un adjectif (‘foncé’ : participe passé à valeur d’adjectif = sombre). Seul un nom peut être accompagné d’un adjectif. 
En réalité on les appelle à tort ‘adjectifs de couleur’. Il est plus juste de dire ‘mots de couleur’.

Nous sommes 500 collaborateurs qui nous engageons au quotidien
En effet ce ne sont pas les 500 collaborateurs qui s’engagent mais « nous ». Le pronom relatif reprend le pronom « nous ».

Je me suis permis de t’appeler
En effet.
On permet quelque chose à quelqu’un. 
Ici le COD est « de t’appeler » .
Je me suis permis une entorse au régime sans sel.  : le COD est « entorse ».
Dans ces deux exemples; « me » est COI et équivaut à « à moi » : J’ai permis à moi de t’appeler – J’ai permis à moi une entorse…

Si on change de COI : J’ai permis à Charles de t’appeler

Il arrive bien sûr que le participe passé de « permettre » s’accorde (avec le sujet quand auxiliaire « être », avec le COD quand l’auxiliaire « avoir ) » : 
Cette intrusion n’est pas permise.  -C’est une visite que le médecin a permise >  l’accord se fait avec l’élément souligné : le sujet « intrusion » et le COD « que »

L’indicatif est le temps du réel. On peut dire que le subjonctif est le temps du virtuel, des faits dont la réalité n’est pas acquise.
C’est la raison pour laquelle dans le cas de cette phrase, où le verbe de la principale est s’assurer on est entre deux :
– soit le fait est considéré comme réel et une simple vérification confirmera cette croyance. On utilise l’indicatif.
– soit le fait est considéré comme ne pouvant être avéré qu’après vérification, et on utilise le subjonctif.
C’est une question de nuance et dépend de la croyance du locuteur concernant le fait de la subordonnée (ici : avoir reçu l’ordre).

Dans les cas où les deux modes sont possibles, le choix entre indicatif et subjonctif est généralement fait intuitivement par le locuteur (natif). Il y a toujours une raison. Que l’analyse en soit délicate ne signifie pas qu’il n’y ait pas une différence de sens.

Je parlerais d’emploi analogique du verbe et pas de métaphore.
Autre exemple : il dévore un livre.
On ne peut pas dire qu’on ait réellement comparé le livre à de la nourriture. Ni que le sujet du verbe soit le comparé (à un animal déchirant de ses dents ?) pour ce faire il devrait avoir d’autres caractères semblables comme ici : Le remords dévorant s’éleva dans son cœur (Voltaire) : si on a une métaphore c’est qu’est exprimé un des éléments : le remords. Le verbe qui s’applique à un animal déchirant de ses dents est le comparant et est non exprimé.

Il noie sa réponse dans des digressions interminables.
Ici non plus : une réponse ne se noyant pas, serait le comparé. Et le comparant serait quoi ? tout et rien : un animé sans doute.
Dans la métaphore, deux termes identifiables sont rapprochés par analogie. Ici, ne reste que le verbe : son emploi est donc analogique.

On peut remarquer qu’il y a des degrés de l’image. De la métaphore originale, à la métaphore usée (verser des torrents de larmes), à la métaphore lexicalisée (une feuille de papier), et à l’extension du sens de certains verbes employés de façon analogique : le vent souffle – la nuit tombe – elle me dévore des yeux – etc.
Comparez par exemple :  Les ombres montaient, noyant peu à peu le paysage – elle se noie dans un verre d’eau. Il noie son chagrin dans l’alcool – Elle noie son whisky – il se noie dans les détails
,

Le COD n’est pas donné c’est tout. Le verbe manger est alors employé en mode absolu.
Il y a beaucoup de cas semblables : un exemple : J’écris.  On écrit toujours quelque chose mais le propos est dans l’acte d’écrire. >  faites silence, j’écris, les enfants. On met une virgule après le verbe, ce qui montre que ce qui suit n’est pas COD (et peut donc se déplacer).
Sortez de cette pièce : je trie, les enfants – je lave, les enfants. Etc.

Il vaut toujours mieux proposer des phrases complètes. On n’a là qu’une portion de phrase. Par exemple  : Les actrices que j’ai vues jouer étaient des élèves du conservatoire.
Oui c’est correct.
Le COD ‘que’ (reprenant le nom  féminin pluriel ‘actrices’ est aussi l’agent de l’infinitif jouer*  : en ce cas le participe passé s’accorde avec lui.

* les actrices jouaient

N’as-tu pas l’impression que si quelqu’un devait avoir honte, ce serait elle, Mme Pons ?

SI vous avez besoin de plus d’explications, n’hésitez pas à les demander.

Il y a une chose que je n’ai pas saisie
L’accord se fait avec le COD puisqu’on a l’auxiliaire ‘avoir’ et que le COD -que- est placé avant le verbe.
Que est un pronom qui reprend le nom féminin singulier ‘chose’.

Oui. Si vous remplacez la locution adverbiale par un adverbe  ou un complément de manière de sens proche :
L’avion est en soi/absolument/abstraction faite de toute autre chose, le mode de transport de masse le plus écologique.

c’est bien à cette place qu’on les placerait.