L’incise, entre virgules, est toujours possible.
Si c’est une incise, on n’en tient pas compte pour l’accord (nuance : lui ainsi que ses proches sont… lui, ainsi que ses proches, est…) mais la question ne se pose pas ici puisqu’on ne trouve rien à accorder dans la fin de votre phrase.
La vraie question serait de se demander si on peut supprimer les virgules, pour que « te » et « ainsi qu’à tes proches » forment un tout et emportent le pluriel, bien que séparés par un verbe. Je dirais non.
— Je te souhaite, ainsi qu’à tes proches, d’être matinal.
— Je te souhaite ainsi qu’à tes proches d’être matinaux.
On voit que le simple fait de commencer par le singulier « te » oblige à poursuivre au singulier, et « ainsi qu’à tes proches » ne peut donc être qu’une incise entre virgules.

C’est la rencontre du verbe « dire » (A), du verbe « falloir » (B), et d’un infinitif (C), qui pose un problème.

A) Avec le verbe « dire », il faut dissocier ses différents sens.

1. Sens : énoncer une vérité extérieure à sa volonté ou à son appréciation subjective = toujours l’indicatif, forme affirmative ou négative.
— Je dis qu’il pleut. Je ne dis pas qu’il pleut. La « règle » qui voudrait « je ne dis pas qu’il pleuve » est une grosse bêtise.
— La loi ne dit pas que l’antisionisme est interdit, elle dit que l’antisémitisme est interdit.
— Je ne dis pas qu’il faut arrêter les recherches, je dis qu’il faut les concentrer dans cette zone.

2. Sens : préconiser, demander, vouloir, ordonner = toujours le subjonctif, forme affirmative ou négative.
— Le juge ne dit pas qu’on la pende, il dit qu’elle aille vivre ailleurs.
— Je ne dis pas qu’il faille arrêter les recherches, mais au contraire, je dis qu’on les poursuive.
Le verbe « dire » pour exprimer un ordre à la forme affirmative est relativement rare, mais elle commande l’usage.

3. Sens intermédiaire, comme penser = indicatif à la forme affirmative, subjonctif à la forme négative.
— Je pense qu’il est prêt. Je dis qu’il est prêt.
— Je ne pense pas qu’il soit prêt. Je ne dis pas qu’il soit prêt.
Dans ce cas, à la forme négative, on entend parfois l’indicatif (je ne dis pas qu’il est prêt), mais ce n’est pas recommandé. C’est défendable quand on a une bonne raison, en particulier pour bien dissocier le verbe penser de la réalité objective qu’on considère (il est prêt ou il n’est pas prêt, on ne devrait pas avoir besoin de subjonctif). Mais pour exprimer cela, la bonne formulation est : « je pense qu’il n’est pas prêt », qui lève toute ambiguïté sur le fait que la négation porte sur « être prêt » ou sur « je pense ». C’est par convention qu’on estime qu’à la forme négative, la négation sur le verbe « penser » porte en fait une subjectivité sur le fait d’être plus ou moins prêt. Donc la norme est le subjonctif, et on n’y déroge que par exception volontaire.

B) En ajoutant le verbe falloir

Dans le sens A2, peut-être celui que vous souhaitez puisque vous posez la question, il reste possible de ne pas utiliser directement le subjonctif, en faisant intervenir un verbe impersonnel, comme « falloir ».
— Le juge dit qu’on la pende.
— La juge dit qu’il faut qu’on la pende. L’ordre est délégué au verbe falloir, et ce n’est pas celui-ci mais le suivant qui doit être au subjonctif. Le subjonctif est nécessaire, mais sur l’action, pas sur le verbe falloir. On n’écrit pas : le juge dit qu’il faille qu’on la pende. Ni même à la forme négative : le juge ne dit pas qu’il faille qu’on la pende.
Donc globalement, vous avez raison de poser la question, le verbe « falloir » supporte mal le subjonctif, à cause de son sens absolu : « il faut ou il ne faut pas ».
Les « je veux qu’il faille », « je ne veux pas qu’il faille » ne se conçoivent que dans des propositions imbriquées (je ne dis pas qu’il faille en arriver là pour obtenir gain de cause, je ne ne dis pas qu’il faille dans de telles conditions agir ainsi) où l’absolu de « falloir » est relativisé par un objectif ou une hypothèse.
On écrit donc « je ne dis pas qu’il faut que tu ailles », sans subjonctif à « falloir », mais avec un subjonctif à « aller ».
C’est une excellente idée que de ne pas mettre « falloir » au subjonctif.

C) Avec un infinitif derrière falloir

Dans votre exemple, le verbe suivant « falloir » est à l’infinitif, mais conjuguons-le pour bien voir les choses.
— Je ne dis pas qu’il faut qu’il vienne. Je ne dis pas qu’il faille qu’il vienne.
On voit bien ici que le subjonctif est porté par le verbe d’action et non par le verbe conjugué impersonnellement « falloir ».
Si vous vous décidez maintenant de mettre un infinitif à la place d’un verbe conjugué au subjonctif derrière « falloir », le subjonctif deviendra certes invisible. Faut-il pour autant déplacer ce subjonctif vers le seul verbe conjugué pour qu’il reste visible ? La réponse est non. L’infinitif absorbe tous les modes, tous les temps. On n’a pas à déplacer le subjonctif vers le verbe le plus proche, le sens subjonctif est contenu dans l’infinitif.

D) Conclusion

* Si vous récusez simplement le fait que vous dites qu’il faut arrêter les recherches, écrivez :
— Je ne dis pas qu’il faut abandonner les recherches. Indicatif obligatoire.
* Si vous êtes le décideur, et que vous n’utilisez pas le verbe « falloir », utilisez le subjonctif :
— Je ne dis pas que vous deviez abandonner les recherches.
* Si vous êtes le décideur, et que vous utilisez le verbe « falloir » suivi d’un verbe conjugué, utilisez indicatif + subjonctif :
— Je ne dis pas que qu’il faut que vous abandonniez les recherches.
* Si vous êtes le décideur, et que vous utilisez le verbe « falloir » suivi d’un verbe infinitif, utilisez indicatif + infinitif (assumant le subjonctif) :
— Je ne dis pas que qu’il faut abandonner les recherches. Le subjonctif est caché dans l’infinitif.

Le temps simple marque la simultanéité.
Le temps composé marque l’antériorité.

Dans un récit au présent.
— Il me ressemble. Je ne fais rien pour cela.
— Il me ressemble. Je n’ai rien fait pour cela.
Dans un récit au passé (ici avec l’imparfait)
— Il me ressemblait. Je ne faisais rien pour cela.
— Il me ressemblait. Je n’avais rien fait pour cela.
Puis avec le subjonctif.
— Il me ressemblait sans que je fisse rien pour cela.
— Il me ressemblait sans que j’eusse rien fait pour cela.
En remplaçant « faire quelque chose » par « avoir quelque chose à faire ».
— Il me ressemblait sans que j’eusse à faire quoi que ce soit pour cela.
— Il me ressemblait sans que j’eusse eu à faire quoi que ce soit pour cela.

Si je parle de ses années d’éducation, il faut privilégier le temps simple.
— Il me ressemblait chaque jour davantage, sans pourtant que je fisse (sans que j’eusse à faire) quoi que ce soit pour cela.
Si je parle du caractère d’un personnage que j’ai éduqué, mon fils, mais qu’il est maintenant autonome et que son caractère ne dépend plus de moi, il faut privilégier le temps composé, c’est le principe de l’action terminée qui ne permet pas un temps de simultanéité.
— À vingt ans, il me ressemblait sans que j’eusse pourtant fait (sans que j’eusse eu à faire) quoi que ce soit pour cela.
Choisissez selon le sens que vous souhaitez.

Il n’y a ici aucun temps surcomposé. Un temps surcomposé serait, avec deux auxiliaires : sans que j’eusse eu fini de faire son éducation… sans j’eusse eu fait son éducation… Ici on n’utilise pas « avoir fait » mais « avoir à faire », qui, n’étant pas composé, ne peut pas être surcomposé.
Si vous avez besoin d’un temps composé, mettez donc un temps composé, sans supprimer un auxiliaire au prétexte idiot que ça fait trop dans une phrase déjà chargée.

Voyons maintenant votre premier verbe au plus-que-parfait, si c’est ce qui vous fait douter de la suite la phrase.
— Je suis malade (état en cours) / J’ai été malade (état antérieur et terminé vu du présent)
— J’étais malade (état en cours) / J’avais été malade (état antérieur et terminé vu du passé)
Il m’avait ressemblé… On dirait bien ici que le gars est mort ou qu’il a changé, et même qu’il était mort ou avait déjà changé au moment du récit au passé.
— Je venais de perdre un ami qui m’avait ressemblé durant toute sa courte vie.
— Il m’avait ressemblé durant notre vie commune, et j’ignorais qu’il avait ensuite changé.
Si au moment du récit il est bien mort, ou s’il a changé, alors le plus-que-parfait est indiqué, il a cessé de me ressembler.
Sinon « ressembler » pourrait éventuellement prendre un autre sens, marquer le début du processus. Le début d’un processus, même si le processus court encore, est une action passée et terminée.
— Il m’avait ressemblé dès ses premières années. = il avait commencé à me ressembler dès sa naissance. C’est acceptable.
Donc, ce « il m’avait ressemblé » est tout à fait correct.
Pour la suite de la phrase, nous ne devons retenir que le fait que c’est antérieur et terminé (pour cause de mort ou de changement, ou parce qu’on parle du simple début d’un processus), et on garde la latitude de choisir un temps, soit simple, soit composé, selon que le narrateur n’a respectivement rien eu à faire, soit pendant, soit avant.

Enfin, vous pouvez décider que dans un récit au passé, vous continuerez à mettre vos subjonctifs au présent ou passé (composé) plutôt qu’à l’imparfait ou au plus-que-parfait, pour alléger ou éviter le ridicule, en supprimant tous les subjonctifs imparfait ou plus-que-parfait. C’est une décision à prendre en fonction du reste du texte. Mais on ne peut pas supprimer le subjonctif imparfait une fois de temps en temps quand on trouve que la phrase est déjà chargée.

Un deux-roues, un trois-mâts, un moteur quatre temps, un hôtel cinq étoiles, un six-coups…
L’adjectif et le nom peuvent être liés par un trait d’union pour former un mot composé se suffisant à lui-même.
Si l’adjectif et le nom viennent ensemble compléter, en apposition, un nom, ils ne sont pas liés par un trait d’union.

On écrit un livre grand format (nom suivi d’une caractéristique formée d’un adjectif et d’un nom). La caractéristique « grand format » ne prend pas de trait d’union. Si dans une profession, « grand format » en arrive à signifier quelque chose de très précis ne nécessitant plus d’autre nom, on créera un mot composé en mettant un trait d’union : « un grand-format » signifiera « un livre de taille 50cm x 80cm », et on n’utilisera pas le mot « livre ». Dès qu’on fera précéder « grand format » du mot « livre », on reviendra à l’orthographe originale sans trait d’union. Le fait qu’il existe une forme lexicalisée composée avec un trait d’union n’entraînera pas que les deux mots, par exception, soient toujours liés par un trait d’union dans d’autres utilisations.

Si le nom composé et lexicalisé « trois-pièces » était apposé à « costume » pour donner « costume trois-pièces », on conserverait le trait d’union. Mais ce n’est pas le cas puisque selon votre dictionnaire « un trois-pièces » signifie déjà « un costume composé de trois pièces », et que « costume trois-pièces » signifierait alors « costume costume composé de trois pièces ».
Le trait d’union a été ajouté par la première personne qui a considéré que ces deux mots formeraient désormais un nom composé emportant un nouveau sens. Ici, le trait d’union porte le sens « costume ».
On écrit donc « un costume trois pièces ».

Il est possible, dans certaines situations définies, d’écrire « le trois pièces ». Il ne s’agira plus alors d’un nom composé mais à nouveau d’un adjectif et d’un nom.
— J’hésite entre deux costumes, le costume deux pièces et le costume trois pièces.
se raccourcit en
— J’hésite entre deux costumes, le deux pièces et le trois pièces.
Il ne s’agira pas ici réellement d’une ellipse, mais plus précisément du remplacement du mot et de son article par un pronom. Dans cette dernière phrase, « le » n’est plus un article auquel on a enlevé son nom, mais un pronom voulant dire « le costume ». Il ne doit pas y avoir de confusion avec le fait que « le » puisse être un article et « trois pièces » un nom composé dont on aurait par erreur omis le trait d’union.

Pour une approche très globale du subjonctif, je vous conseille http://research.jyu.fi/grfle/405c12c.html, chapitre d’un site finlandais d’enseignement du français. L’avantage de ce site est sa rigueur formelle, son absence de rubriques « trucs et astuces », son absence de simplifications abusives et de condescendance prétendument pédagogique, son absence d’ironie, sa légèreté précise. Dans un chapitre, il faut lire l’intégralité des pages avant d’y chercher au hasard un exemple correspondant à un problème ponctuel, et on aura une bonne vision d’ensemble. C’est conçu pour une appréhension globale et cohérente, et non comme un « la grammaire pour les nuls, que faire dans tel ou tel cas ».
Pour le subjonctif avec le verbe falloir, à la page 433. Le subjonctif dans les propositions complétives, vous trouverez l’obligation du subjonctif avec « il faut que ».
Pour « après que », voyez 750. Le mode de la subordonnée introduite par après que.

On trouve des grammaires dans les librairies, et on peut commencer par acheter la moins épaisse (mais pas pour scolaires), elle ne devrait pas se tromper. Mais sur internet on tombe souvent soit dans la simplification, soit sur des gens qui s’écoutent écrire,  soit dans des arguties par définition discutables. Le site finlandais que je vous conseille, comme par ailleurs le site québécois http://bdl.oqlf.gouv.qc.ca/bdl/gabarit_bdl.asp?T1=subjonctif, évitent ces pièges.

La forme « s’en suivre » est assez utilisée, même par des auteurs, mais c’est une faute. Si c’était une simple évolution d’orthographe ou d’usage, on pourrait l’accepter progressivement et intégrer cette forme au français contemporain, mais c’est ici une vraie erreur grammaticale (« se suivre » d’une part a un autre sens, et d’autre part n’admet pas de complément en « de »), et on ne doit donc pas l’utiliser.

De plus, votre question compare un passé composé et un passé simple. Il faut dissocier.
Au passé composé, on dit : « il s’est ensuivi » en non « il s’en est suivi ».
Au passé simple, on dit : « il s’ensuivit » et non « il s’en suivit ».

La forme incorrecte « s’en suivre » offre l’avantage d’intégrer un pronom faisant référence à une chose précédemment exprimée.
La forme correcte « s’ensuivre » se permet de se dispenser de référence. Dans « il s’est ensuivi que », on admet très bien que « de cela » est sous-entendu. C’est une dérogation à la règle (on doit dire « il a découlé de cela que » ou « il en a découlé que » et non « il a découlé que »), mais c’est validé. Au besoin, on peut ajouter la référence par un pronom (« il s’en est ensuivi que »), mais c’est devenu connoté ancien ou littéraire.

Le mot remplaçant « vos explications » dépend de la construction.
* transitif direct + cod : pronom à la forme accusatif (le, la, les…)
— les décisions qui suivent vos explications : les décisions qui les suivent
* transitif indirect + coi introduit par « de » : pronom « en »
— les décisions qui découlent de vos explications : les décisions qui en découlent
* transitif indirect + coi introduit par « à » : pronom à la forme datif (lui, leur…)
— les décisions qui obéissent à vos explications : les décisions qui leur obéissent
* pronominal transitif indirect + coi introduit par « à » : pronom « y »
— les décisions qui se conforment à vos explications : les décisions qui s’y conforment
* complément du nom introduit par « de » : adjectif possessif (son, sa, ses, leur…)
— les décisions prises à la suite de vos explications : les décisions prises à leur suite
* complément du nom introduit par « à » : pronom « y »
— les décisions qui font suite à vos explications : les décisions qui y font suite

Si on hésite sur le choix d’un verbe et de la construction formelle qui l’accompagne, c’est peut-être qu’on a pas suffisamment défini le lien entre explications et décisions : conséquence obligatoire, éclairage déterminant, critère pris en compte parmi d’autres, simple chronologie…
Le problème est à mon avis que ces exemples artificiels avec différents verbes ont en commun de ne pas exprimer l’agent de la décision. Je trouve qu’il manque « la décision que nous avons prise », voire « notre décision »… ce qui suffirait à ne plus chercher de lien formel entre explications et décisions (la décision ne vient pas vraiment d’une explication, mais d’une personne). Sinon, la simple coordination par « et » en milieu de phrase peut selon moi suffire à établir (ou suggérer) le rapport entre les deux propositions : je vous remercie pour les explications et je vous informe de ma décision.

Selon le lexicographe Jean Girodet :
« Devant et joignant deux adjectifs. On emploie la forme nouvel si les adjectifs précèdent un nom qui commence par une voyelle ou un h muet (un nouvel et remarquable avion), mais on emploie nouveau si le nom commence par une consonne ou un h aspiré (un nouveau et très efficace dispositif ; un nouveau et vaste hangar) ou si les adjectifs suivent le nom (un appareil nouveau et très efficace). »
C’est bien ainsi que l’emploient les auteurs :
* la mort du nouvel et premier électeur d’Hanovre (Saint-Simon)
* un nouvel et puissant appareil scientifique (Jules Verne)
* un nouveau et puissant romancier (Léon Daudet)
* un nouveau et long silence (Marcel Proust)

Tout se joue sur le mot « rien », qui n’est pas une simple négation (la négation est dans « ne plus ») mais un mot qui veut dire « quoi que ce soit », et qui joue un rôle syntaxique.

Vous êtes partie du sens que vous supposiez (être en relation) et avez repéré une anomalie. Mais il faut comprendre la phrase telle qu’elle est écrite : « rien à faire » est le cod de « avoir », et la phrase veut dire « je ne veux plus avoir quoi que ce soit à faire avec lui », non remplaçable par « je ne veux plus avoir quoi que ce soit affaire avec lui ».
Avec « rien avoir affaire », le verbe « avoir » se retrouverait avec deux cod, ce serait une erreur de construction.
On peut s’interroger sur le sens ou l’élégance de votre phrase, mais elle est grammaticalement valide.

« Je ne veux plus rien avoir à faire avec lui » est la négative de « je veux encore avoir quelque chose à faire avec lui ».
« Je ne veux plus avoir affaire à lui » est la négative de « je veux encore avoir affaire à lui ».
Et on remarque au passage que la préposition devient « à » au lieu de « avec ».

[Dans une phrase simple, sans relative, du type « ce groupe de personnes travaille », on conjugue normalement au singulier.]
Mais ce n’est pas votre question.
Dans votre exemple, le problème est comme vous le dites l’identification du sujet de la relative (quel est l’antécédent du pronom qui).
C’est à vous d’en décider :
— c’est un [groupe de personnes] qui travaille : c’est un groupe de personnes, déjà constitué, et ce groupe travaille.
— c’est un groupe de [personnes qui travaillent] : c’est un groupe formé de personnes qui travaillent.

Pierre fait partie de ce groupe de personnes qui ne s’arrêtent jamais de travailler = Pierre fait partie de ces gens qui ne s’arrêtent jamais de travailler, et c’est cette caractéristique commune qui permet de les considérer comme un groupe.
Pierre fait partie de ce groupe de personnes qui ne s’arrête jamais de travailler = Il y a dans l’entreprise un groupe opérationnel 24 heures sur 24, et Pierre en fait partie.