Les deux sont possibles et « ce qu’il se passe » est correct.

Ce n’es pas l’auxiliaire avoir qui s’accorde mais le participe. Les astuces sont nombreuses mais il faut d’abord connaître la règle que je vous ai énoncée et faire des exercices. Le pronom « qui » ne change rien.

N’a-t-il pas confié :
Forme interro-négative, c’est correct.
A-t-il confié ? :
Forme interrogative. Correcte aussi.
À vous de choisir !

Dans votre phrase, tout est adverbe et il reste invariable devant un adjectif masculin ou féminin commençant par une voyelle ou un H muet.
TOUT adverbe peut s’enlever de la phrase et signifie « vraiment » alors que  » Tout » adjectif va avec un nom commun et s’accorde : je travaille tous les jours, elle a vécu ici toute une année.. Il signifie « la totalité ».
Attention il faut écrire tout heureuse mais toute rouge. Car rouge commence par une consonne.

Le participe passé du verbe employé avec l’auxiliaire avoir ne s’accorde pas avec le sujet :
Élise a mangé la pomme. On n’accorde pas mangé avec le sujet Élise.
Élise est allée au marché : on accorde le participe avec le sujet car il est employé avec être.
La pomme que nous avons mangée était sucrée : avec avoir, on accorde le participe avec le Cod placé avant = la pomme.

Ces personnes sont licenciées pour leurs comportements.(elles ont eu des comportements répréhensibles : on peut mettre au pluriel ou au singulier mais respectif me paraît peu utile). De tels comportements ne peuvent être tolérés. (Peut-être qu’il faut éviter la répétition du mot comportement et employer « agissements »)

Possible est un adjectif dans votre phrase, il faut l’accorder, contrairement à l’expression « le plus possible ».

Les charges importantes, parmi les plus lourdes à manipuler par l’homme,  exigent un incroyable travail de la musculature. 

Je ne les aurais jamais crues telles que cela. : tel s’accorde et là, il me semble que c’est au féminin.

Si l’expression figée « en venir au fait «  existe avec une signification précise, rien ne vous empêche dans un autre contexte de dire ou d’écrire :
« j’en viens aux faits« , si des faits se sont produits et que vos interlocuteurs attendent que vous les rapportiez. Bien sûr, cela aura un autre sens.

Une virgule peut marquer une pause dans l’énoncé d’une phrase mais elle n’est obligatoire que dans quelques cas.
Les enfants, qui sont arrivés en retard, ont été punis. Explication : le retard est la cause de la punition de tous les enfants.
Les enfants qui sont arrivés en retard ont été punis. Pas de virgule : seuls les retardataires ont été punis.

Votre deuxième phrase est correcte en raison du régime des verbes. Les prépositions imposent en effet :
Il se réserve le droit de modifier le programme ou d’y mettre fin.

Cela fait / ça fait / il y a / c’est (cela est) … ce sont des expressions idiomatiques françaises dont la construction est spécifique.

Cela est un pronom démonstratif qui est un sujet impersonnel comme dans l’expression « il fait beau » (il ne désigne personne).

Mais vous avez raison ; il n’y a pas de référence à un nom antérieur comme dans l’expression « cela me plaît » (en disant « cela » on désigne une chose dont il a été question ou que l’on montre).