Les sites touristiques utilisent majoritairement « dans le Marais poitevin ».

Le choix entre « dans » et « en » est difficile à justifier.
En + noms féminins et dans le + noms masculins ? Pour les département oui, mais  pour d’autres lieux, ce n’est pas si simple :
D’après mes lectures à ce sujet, il semblerait qu’on utilise en + nom (même masculin et même commençant par une consonne) quand le lieu  est senti comme une  entité ancienne appartenant à une tradition. En Calvados, en Brière.  Si ce n’est pas « en » qui a été choisi ici, c’est peut-être à cause de la composition du nom qui n’est pas vraiment figé en nom propre. dans le marais > dans le marais poitevin > dans le Marais poitevin

Il y a une nuance en effet :
Il vaut mieux que est une affirmation simple
Il serait mieux que : il y a une atténuation : prudence ? politesse ?

Le conditionnel sert aussi à l’atténuation, parce que ce mode est le mode de l’hypothétique.
On peut avoir aussi : il vaudrait mieux que qui est équivalent à il serait mieux que. Ou : il est mieux de + infinitif, équivalent de il vaut mieux que

Des fleurs parfumaient la pièce. Avaient-elles imprégné l’âme des présents ? (ceux est inutile)
On comprend mal ce que vous voulez dire.
Formulé ainsi, la deuxième phrase pose une question. Je ne sais pas si c’est ce que vous voulez.
On peut avoir aussi :
auraient-elles imprégné l’âme des présents ? ou n’auraient-elles pas imprégné l’âme des présents ? ou et sans doute avaient-elle imprégné l’âme des présents. Ou  elles avaient certainement imprégné.… ou comment auraient-elles pu ne pas imprégner... etc.

Ils ont envie de partir quelles que soient les circonstances météorologiques

Oui « quelles », mais pourquoi ?
« Quel/quelle » est un adjectif ici indéfini.
Un adjectif se rapporte à un nom est ce nom est les3 circonstances3 dont il est attribut puisque introduit auprès de lui par le verbe « être ».
Une substitution le montre clairement :
Ils ont envie de partir, que les circonstances météorologiques soient bonnes ou mauvaises, « Que » est ici adverbe ; il signifie « même si »

1. Nous avions moins écouté l’histoire de Don Luis que frissonné en entendant ces phrases auxquelles manquaient les accents.

2. Nous avions moins écouté l’histoire de Don Luis que nous avions frissonné pendant que nous entendions ces phrases auxquelles manquaient les accents.
Oui, elles sont équivalentes.
nous avions entendu : il n’y a aucune raison d’employer le PQP :  il n’y a pas d’antériorité mais simultanéité entre écouter  et frissonner : le temps doit être le même.

Les deux phrases paraissent assez maladroites, surtout la deuxième, évidemment plus lourde. Il doit y avoir moyen d’une formulation plus élégante. Mais nous sommes hors contexte On comprend mal ce que sont les accents des phrases, et les accents qui leur manquent.

Il y a longtemps défilaient des dizaines de personnes, sinon plus/voire plus/et peut-être davantage, qui se dirigeaient vers le monument.

n’eussent-ils été plus est incorrect. Vous voulez utiliser cette forme verbale (subjonctif plus que parfait) en tant que conditionnel passé 2e forme équivalent à : auraient été > n’auraient-ils été plus et peut-être sentez-vous mieux l’incorrection ainsi.

S vous tenez à utiliser un verbe :
Il y a longtemps, défilaient des dizaines de personnes -et peut-être étaient-elles plus nombreuses- qui se dirigeaient vers le monument.
Ou (et cette fois-ci c’est bien un subjonctif PQP) :
Il y a longtemps défilaient des dizaines de personnes, –il se peut qu‘elles eussent été plus nombreuses –  qui se dirigeaient vers le monument.

Je ne sais rien de gai comme un enterrement.
Elle est partielle puisque « rien » est précisé par « de gai ».
Si elle était totale on aurait simplement : je ne sais rien.

Il y a une seule négation qui soit restrictive : ne… que
je ne sais de gai qu’un enterrement

Ce n’est pas ce qui est dit ici.
Il est dit : je ne connais rien qui soit aussi gai qu’un enterrement : la négation ne restreint pas le fait de connaître mais « rien » est  précisé par une relative : ce que je ne sais ou ne connais pas, ce n’est pas rien tout court, mais rien+précision

La question « quoi » n’aide décidément pas à détecter le COD !
Il faut comprendre ce qu’est un COD. > Prenez le temps de suivre mon raisonnement :
Un complément d’objet direct, est d’abord le complément d’un verbe, qu’il soit ou non conjugué.
Il est d’objet, parce qu’il désigne ce sur quoi porte l’action du verbe.
Et direct parce qu’il n’y a pas de préposition entre lui et le verbe (prépositions, exemples : de, à,pour…

Pierre mange une pomme
l’action est portée par le verbe
ce qui le complète, ce verbe, c’est : une pomme
une pomme est l’objet sur lequel porte l’action
il n’y a pas de préposition entre lui et le verbe.

Comment vérifier que pomme est bien l’objet ?
On peut le faire sujet pour dire la même chose : une pomme……
Alors on transforme le verbe (qu’on met à la voix passive), et donc la phrase : une pomme est mangée PAR Pierre
—-
Dans votre exemple, c’est un peu moins simple parce que le COD est le pronom que et parce que la phrase n’est pas complète.
Je la complète : Il trébucha sur une planche qu’on avait oubliée
Cette phrase contient deux fois la notion de la planche :
il trébucha sur une planche et on avait oublié cette planche – si  onfait de ces deux phrase une seule phrase, on ne veut (peut) pas répéter planche et on le remplace par un pronom : Il trébucha sur la planche qu‘on avait oubliée
Ce pronom est placé devant le verbe > accord du participe passé avec lui (qui est féminin singulier puisqu’il signifie planche)

Vous avez raison de bien faire la différence entre l’expression : se mettre quelqu’un dans la poche/mettre quelqu’un dans sa poche  et mettre quelque chose dans la poche
L’expression n’est que partiellement figée donc puisque on peut utiliser, pour elle aussi, soit le pronom, soit le déterminant possessif.
Ce qui est figé, c’est un aspect du COD, qui doit être impérativement un animé et le plus souvent un être humain.

Le vent fit frémir ses moustaches, qu’il portait drues et tombantes.

Les deux adjectifs, drues et tombantes sont attributs  du COD que reprenant moustaches. Voici pourquoi il y a accord.