On est dans le domaine de l’histoire des mots et il est un peu vain de chercher ici une « règle ». C’est l’usage, populaire ou juridique, qui a fixé les différences. Vous retrouverez dans le CNRTL_aïeul les nuances.
Pour résumer, un aïeul ou une aïeule (idem bisaïeul, trisaïeul) est une personne physique identifiable inscrite dans une lignée. Le niveau exact de parenté a pu varier au fil du temps mais le sens de grand-parent est dominant.  Le pluriel est régulier (avec un s).
Le mot aïeux, masculin et toujours pluriel, est une spécialisation pour qualifier collectivement l’ensemble indifférencié des générations précédentes (les « ancêtres »).
On ne voit pas trop quelle autre « logique » se serait développée.

Votre raisonnement est juste. Les adjectifs s’accordent selon le nom auxquels ils se rapportent. Dans le premier cas il y a deux objets, dans le second un seul.

PS Attention aux équivoques : dans la première phrase, si l’adjectif ne se rapporte qu’à un des deux noms, il vaut mieux reformuler : « […] sans lui donner de position précise ni de trajectoire. »

1. Dans votre exemple, le mot junior est le nom habituel d’une catégorie d’âge (environ 18-19 ans), pour une discipline sportive (cf. minime, benjamin, cadet ou sénior). Le sexe des adhérents n’a  alors rien à voir là-dedans. De plus, le féminin est déjà indiqué par le mot championne. Donc : Championne de France (catégorie) Junior(s).
2.  Si le mot est employé comme nom pour une personne, il n’est pas de tradition en France de le féminiser, l’article suffisant là aussi à marquer le sexe. 
Depuis quelques années, sous la pression de certains mouvements, on « force » la formation de noms et d’adjectifs féminisés, ce qui explique la position de la Vitrine linguistique canadienne, très en pointe sur cette question. À vous de décider et d’opter le cas échéant pour une juniore, une séniore, une séniorissime, une séniorette ou une majorette.

Les adjectifs dérivés (orangé, violacé, rosé, bronzé, bistré, etc.) sont de simples adjectifs et ils subissent donc le sort des adjectifs purs de couleur :
– des bandes vert et orangé (bicolores)
– des bandes vertes et orangées (monochromes).

Votre question est un peu un « cas d’école », une supposition toute théorique. On ne rencontre pas en effet, à ma connaissance, ces combinaisons à trois couleurs dans la vie normale. Les associations de deux couleurs sont  déjà assez rares car on parle dans ce cas du mélange de  deux couleurs en proportions équivalentes. Cela donne une troisième et non une nuance (une teinte) qui caractériserait l’une d’elles. Le trait d’union traduit cette spécificité.
Sous réserve de vérification. les cas les plus courants doivent être bleu-vert* et bleu-gris qui servent d’exemple dans les livres de grammaire. Les autres sont, je pense, des mélanges fantaisistes qui portent normalement d’autres noms. On rappelle par exemple que l’hypothétique « rouge-vert » s’appelle simplement du… jaune.

* On trouve dans Wikipédia une analyse technique du bleu-vert et du vert-bleu qui ne couvrent qu’une bande étroite du cercle chromatique.

Il y a une différence sensible et courante entre les deux constructions :
– penser + infinitif : avoir l’intention de, prévoir. Je pense venir ce soir.
– penser à + infinitif : prendre en considération, ne pas oublier. Je pense à venir ce soir.

Votre raisonnement est pertinent. Le principe typographique est en effet de distinguer par un trait d’union les noms composés, unités lexicales fixes.
Les locutions adverbiales ou adjectivales restent, elles, libres de ce lien.
Exemple type à utiliser comme référence dans le doute :
– Un face-à-face tendu.
– Se retrouver face à face.
Ce principe n’est pas toujours respecté, même par les dictionnaires qui ne distinguent parfois pas les deux.
Dans votre exemple, on nuancera donc :
– Un beau douze-coups ;
– Un pistolet douze coups, à douze coups.

L’accord se fait normalement, selon la règle habituelle, avec le complément direct (celles et ceux) antéposé. Les deux antécédents étant d’un genre différent, l’accord se fait au masculin-neutre.
Donc : Celles et ceux qu’on a connus.

L’accord du participe se fait avec le pronom antéposé et peu importe où se trouve la référence de ce pronom. Il pourrait même être absent si le contexte est clair. Il suffit qu’on sache ce qu’il représente.
En revanche, dans votre exemple, il n’est pas clair que ce qui a été remarqué soit la chevalière car l’évocation d’une personne (elle) est plus proche. La phrase est un peu ambigüe, toute question d’accord mise à part.

Il faut accorder le verbe avec le sujet, même s’il est inversé :
« Les méthodes où se développe cette créativité. » ( = les méthodes où se cette créativité se développe)