Une réponse tardive : bien que l’usage (commun et littéraire) semble nettement privilégier la construction indirecte à la troisième personne, on peut s’étonner que « quelque chose prenne à quelqu’un. »  Comme l’expression est plutôt familière, cela a dû se développer en dehors des préconisations académiques. L’idée est bien qu’un sentiment, une émotion, un besoin s’empare de quelqu’un, le « prend » au sens presque propre, souvent contre son gré.
Cela explique que la construction directe se trouve aussi, même en littérature. On ne peut pas parler d’incorrection et les deux formes sont justifiables.

On pointe un objet vers ou sur quelque chose mais dans une direction (la direction n’est pas l’objectif en soi). En toute rigueur, et en particulier à l’écrit, il faut donc réutiliser la même préposition dans si on met sous forme de pronom :
*Elle regarde dans la direction dans laquelle l’homme pointe du (le) doigt. »
Force est de reconnaitre que la langue courante rechigne à répéter la préposition. Dans ce cas où peut être acceptable comme pis-aller. Elle est en tout cas plus correcte que que. On ne pointe pas une direction.

L’accord avec ni est similaire à celui employé avec ou dont il est l’inverse.
Par défaut, si les deux sujets peuvent faire l’action (solution inclusive), on met le verbe au pluriel. Si un seul le peut, le verbe reste au singulier (solution exclusive).
– Ni son père ni sa mère ne se sont un jour positionnés… (les deux auraient pu le faire) ;
– Ni son père ni sa mère ne sera élu président de la commission… (un seul peut l’être).

La B.D.L. canadienne est très estimable mais souvent incompatible avec les habitudes typographiques françaises. Sur ces sujets spécifiques (espaces, majuscules, ponctuation, abréviations, etc.) elle est inféodée aux mœurs éditoriales anglo-saxonnes et il faut éviter d’y recourir.
La virgule devant mais, ou, donc se rencontre en effet en français « de France » lorsqu’on les utilise en opposition, en particulier pour de longs segments de phrase. Mais cela doit rester un cas marginal même si on ne peut que constater une prolifération dans les médias qui influencent à la longue les lecteurs. Vos exemples prouvent que cette dérive entraine vers une « surponctuation » que je constate aussi comme correcteur dans les écrits littéraires.

Dans tout vos exemples, votre souci provient de la coexistence d’une incise naturellement encadrée par des virgules (ou parenthèses, ou tirets) avec une conjonction de coordination (et, mais). Or celles-ci ne doivent le plus souvent pas être précédées d’une virgule puisqu’elles… coordonnent.
En conséquence, on devrait plutôt écrire :
– Elle inspire doucement et, dans ce calme qui suit, je comprends qu’elle a peur.
– Je ne la vois pas mais, quand je ferme les yeux, je crois la percevoir.
– Il flâne d’une fille à l’autre et, d’ordinaire, je m’en accommode.
– Je n’aime pas l’été mais, bien souvent, j’apprécie mes vacances.
– Je le connaissais calme mais, depuis quelques temps, il se montre susceptible.

Avec un collectif ou une proportion,  il est fréquent d’accorder avec le complément qui fait l’action, surtout lorsqu’il s’agit d’êtres animés*. On garde l’accord au singulier si c’est vraiment le mot de base qui est mis en valeur, notamment s’il a une importance arithmétique :
– Une petite partie des députés ont voté la résolution (approximatif);
– Une large moitié des députés a permis  d’adopter la résolution (l’accent est mis sur la majorité).
Le critère est donc plus stylistique ou sémantique que grammatical.

*PS Pour des compléments inertes, l’accord se fait normalement avec le nom de base : le tiers de la récolte est perdu ; une partie des résultats est inexploitable.

Votre souci semble venir du fait que vous êtes amené à utiliser deux fois la préposition de : la première pour introduire le complément de se souvenir,  la seconde pour le complément photo. Cela n’est effectivement pas le cas en anglais ou remember est transitif direct, sans préposition (I remember something).
Ici, en français et en renversant la phrase on aurait plutôt :  « Je me souviens de ton sourire sur cette photo. »
Cela donne donc ensuite, par exemple :
– Ce dont je me souviens sur cette photo, c’est ton sourire ;
– C’est de ton sourire sur cette photo que je me souviens ;
– De quoi te souviens-tu sur cette photo ? De son sourire…

En revanche, il est délicat d’utiliser se souvenir avec certains autres compléments. Sans autre précision, I remember something of it devra se traduire Je me rappelle ceci de cela pour éviter la répétition du de, qui est correcte mais peu élégante : Je ne me rappelle rien de mes jeunes années (mieux que je ne me souviens de rien de mes jeunes années).

En complément de la réponse de Tara, on peut noter que deux autres verbes sont aussi l’objet de confusions, s’entendre (cas identique à se voir) et se sentir.
Si le sujet effectue l’action, (de voir, d’entendre, de sentir) c’est le participe passé d’un verbe réfléchi (accordable),
Si le sujet subit l’action, il s’agit d’un semi-auxiliaire  invariable devant un infinitif.
– Elle s’est entendue répondre non à cette demande odieuse (un souvenir dans sa tête) mais Elle s’est entendu répondre qu’elle était licenciée (par un autre) ;
– Elle s’est sentie prise par le courant  ou Elle s’est senti prendre par le courant . (les deux sont possibles)

S’imaginer est un cas à part avec une double construction :
– Elle s’est imaginée reçue première au concours mais Elle s’est imaginé recevoir le premier prix.

Bienvenue sur le site (qui est moins un forum qu’un outil d’aide à la langue sous l’égide du Projet Voltaire).
Pour la place de l’adjectif : la phrase en exemple est tronquée mais la place de l’adjectif n’a pas ici de conséquences. Les seules archives médicales ou les archives médicales seules ont le même sens, celui de « analyse réduite aux archives médicales, sans considérer d’autres documents ».
Pour l’accord : archives étant un nom pluriel, l’adjectif s’y rapportant sera de toute façon au pluriel. L’adjectif ne se rapporte pas à analyse, sinon il faut écrire : « En sortant de la seule analyse des archives… ». Dans ce cas, on suggère qu’on va parler d’autre chose que de l’analyse de documents. 

La présence du zéro devant un chiffre n’a en soi aucun intérêt, ni informatif ni esthétique. Dans certains cas, il peut même être perturbant. Donc, autant l’éviter dans un texte ou sur un affichage…