Oui. Les deux formulations sont écrites correctement. On a traits d’union entre verbe à l’impératif et pronoms, sauf dans le cas de va-t’en à cause de l’élision.

Oui, ‘telles’ est un adjectif qui se rapporte au nom féminin pluriel ‘feuilles’. Comprendre :  telles sont les feuilles mortes…

Vous avez bien vu. On ne peut analyser ‘que’ sans ‘c’est’ : c’est… que est une formule emphatique.
La phrase de base est : je le vois pour la première fois.
Le complément de temps ‘la première fois’  est encadré par c’est… que,  pour insister. La phrase est donc de forme emphatique

On peut cependant dire que le mot ‘que’ est une conjonction

« Non au désert breton”, ‘Breiz Atao’ ”, voit-on alors dans les rues de Pontivy.
Oui, il faut une virgule parce que le COD (« Non….. Atao ») de voir est déplacé. il faut aussi mettre entre guillemets les écrits cités.

L’entreprise compte trois salariés en contrat à durée indéterminée.
Le singulier suffit. Il a une valeur générique (mentionne un type de contrat en général). Le pluriel e serait pas faux mais absolument inutile puisqu’il n’existe qu’une sorte de contrat à durée indéterminée, en tout cas en ce contexte.

En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils que le système n’a pas les ressources pour encaisser est incorrect en effet.
avoir  (n’a pas) n’a pas pour COD « que » reprenant « des seuils » mais ressources
Donc « que » est à proscrire.

En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils que le système ne peut pas encaisser
En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils pour les quels le système n’a pas les ressources lui permettant de le faire
En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils, ce que  le système ne peut encaisser (« ce » reprenant « franchir des seuils » et « que » reprenant « ce »).

Oui, vous avez raison, la place du sujet ne change rien à l’accord.
Ici le sujet est Marie. Le PP est employé avec l’auxiliaire être. L’accord se fait avec le sujet.

Bien contente de vous retrouver !

La négation forme un seul bloc et se place devant le verbe à l’infinitif.

il est recommande de ne jamais prendre de somnifère
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A un temps simple la  négation encadre le verbe; à un temps composé, elle encadre l’auxiliaire.
Elle ne croit pas que cette démarche soit utile
Elle n’aurait jamais fait une chose pareille.