Les deux temps du subjonctif sont possibles. La différence entre les deux n’est pas d’ordre temporel mais aspectuel. Le subjonctif  présent indique que le fait est en cours de réalisation, le subjonctif passé indique qu’il est accompli.
Pour le temps de « il y a » dans la phrase, il faut remarquer que « il bondit » est ambigu. Ce peut être un présent ou un passé simple. Pour lever l’ambigité, utilisons le verbe « sauter » :
Il saute bien avant que l’équipage n’ait/n’ait eu le temps de remarquer qu’il y a des passagers…
Il sauta bien avant que l’équipage n’eût/n’eût eu le temps de remarquer qu’il y avait des passagers…

Essai : je ne peux plus répondre aux questions.

Votre question est intéressante.
Le passé composé est un temps du passé. S’il appartient a une principale et que la subordonnée nécessite de subjonctif, il convient en effet d’appliquer la concordance des temps :
J’ai voulu (ce jour-là) qu’elle vînt me rendre visite (le lendemain).

Il faut remarquer cependant que les subjonctifs imparfait et plus que parfait sont désuets, sauf dans une langue très soutenue à l’écrit. (La 3e personne du singulier s’emploie plus facilement cependant.)
On peut donc avoir, cela est admis : J’ai voulu qu’elle vienne me rendre visite.

Autre remarque : si le fait de la subordonnée se situe dans le futur du locuteur (et non dans un futur du passé), le temps juste est le subjonctif présent : j’ai voulu (hier) qu’elle vienne (demain). 

Le Sud-Express est un des plus vieux trains express européen
Le sens de cette phrase est : Le Sud-Express est un train parmi les plus vieux trains express européens

Autre exemple
Cette fille est une des plus agréables personnes que je connaisse
Cette fille est une fille parmi les plus agréables personnes que je connaisse

Il faut choisir entre  Vous avez mis du temps et Vous y avez mis le temps.
Il y a une nuance : la deuxième formulation signifie vous avez consacré du temps à (faire) cela ; la première ne comporte que la notion de durée.
Si donc on veut dire qu’on a attendu quelqu’un trop longtemps et qu'(on ne focalise pas ce qu’il avait à accomplir) il faudra dire : vous avez mis du temps. 
Sinon : vous y avez mis le temps, pour arriver (ici ce qui a demandé du temps, c’est d’arriver)

Oui, là le conditionnel convient. Parce qu’on a une restriction.

S’il serait futile de dresser la liste ici, disons tout de même qu’elles sont nombreuses.
a le sens de : S’il faut admettre qu’il serait utile de dresser la liste ici…

Et même : Je me demande s’il serait utile de dresser la liste ici…

il y beaucoup de choses qu’il m’intéressent d’apprendre : Il y a 3 incorrections :

– « Il y a » sert à présenter des éléments, quels qu’ils soient  : il y a des moutons qui broutent dans le pré – il y a de la confiture – il y a de la sympathie entre eux – il y a du bruit – etc.
– il est intéressant – il semble – il arrive – …  sont des formes impersonnelle : tous les verbes ne peuvent pas prendre cette forme impersonnelle. Intéresser ne le peut pas. Il lui faut donc un sujet. ici le pronom  « qui » (représentant le nom « choses ») > qui m’intéressent
– certains verbes peuvent être suivis d’un infinitif. Vouloir, pouvoir, devoir, par exemple mais aussi j’ai envie de (qui est une locution verbale.
Intéresser ne le peut pas.
Il y a beaucoup de choses qui m’intéressent et que j’ai envie d’apprendre.

Acquit est un nom.
Voir ce qu’en dit le TLF :
Acquit peut se rattacher sémantiquement à acquérir ou à acquitter.
Le terme est vieilli . Action d’acquitter quelque chose. Il est vivant dans le domaine de la fiscalité

Dans le langage courant,  on le trouve dans l’expression figée que vous citez (où il se rattache  à acquitter)  : « par acquit de conscience » dont le sens littéral est à peu près : pour que la conscience soit quitte (libérée de ses obligations): 

Ce fléau qu’est devenue la place de l’ego…
La phrase est incomplète et pour l’expliquer correctement il faut la compléter.
Par exemple :  Ce fléau qu’est devenue la place de l’ego a ruiné l’empathie.
Si on déconstruit la phrase pour retrouver les phrases de base : 
la place de l’ego est devenue un fléau
ce fléau a ruiné l’empathie

« que » est un pronom représentant le deuxième « fléau » », sujet de « a ruiné »