L’entreprise compte trois salariés en contrat à durée indéterminée.
Le singulier suffit. Il a une valeur générique (mentionne un type de contrat en général). Le pluriel e serait pas faux mais absolument inutile puisqu’il n’existe qu’une sorte de contrat à durée indéterminée, en tout cas en ce contexte.

En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils que le système n’a pas les ressources pour encaisser est incorrect en effet.
avoir  (n’a pas) n’a pas pour COD « que » reprenant « des seuils » mais ressources
Donc « que » est à proscrire.

En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils que le système ne peut pas encaisser
En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils pour les quels le système n’a pas les ressources lui permettant de le faire
En définitive, le danger mal calculé, c’est vouloir franchir des seuils, ce que  le système ne peut encaisser (« ce » reprenant « franchir des seuils » et « que » reprenant « ce »).

Oui, vous avez raison, la place du sujet ne change rien à l’accord.
Ici le sujet est Marie. Le PP est employé avec l’auxiliaire être. L’accord se fait avec le sujet.

Bien contente de vous retrouver !

La négation forme un seul bloc et se place devant le verbe à l’infinitif.

il est recommande de ne jamais prendre de somnifère
—
A un temps simple la  négation encadre le verbe; à un temps composé, elle encadre l’auxiliaire.
Elle ne croit pas que cette démarche soit utile
Elle n’aurait jamais fait une chose pareille.

Les deux formulations sont incorrectes, quel que soit le contexte.
– Le pronom ‘y’ ne convient pas. ‘Y’  est un pronom COI (complément d’objet indirect) qui correspond à un nom COI introduit par ‘à’.
Par exemple : je ne veux pas y croire = je ne veux pas croire à cette fable
– L’infinitif passé (s’être rappelé)  ne convient pas non plus. Il faut l’infinitif présent (se rappeler)

Avec le verbe souvenir, on aurait : (L’expérience avait été si terrible que) j’aurais préféré ne plus jamais m’EN souvenir = me souvenir DE cette expérience. Le pronom ‘EN’ correspond à un nom COI introduit par DE.

Mais le verbe ‘se rappeler’ appelle un COD : un complément d’objet direct (pas un COI) : on se rappelle quelque chose.
(L’expérience avait été si terrible que) j’aurais préféré ne plus jamais me la rappeler = ne plus jamais me rappeler  cette expérience –> on a employé le pronom ‘la’ , qui est COD.
—-
Pour la place de l’adverbe jamais, vous avez le choix : ne jamais plus ou ne plus jamais

Rejoindre votre entreprise est crucial.
Crucial est attribut de l’infinitif , qui est neutre, et avec lequel il s’accorde. En français, le,masculin singulier fait office d neutre.

Il me semble qu’il s’est passé quelque chose avec mon pull avant que Matthieu ne revienne. Est-ce qu’ils me l’ont pris et caché?

La phrase est au système présent, c’est à dire que l’énoncé  est ancré dans le présent de l’énonciateur .
Ce sont les temps qu’il faut considérer :
il me semble : présent de l’énonciateur
qu’il s’est passé : passé composé qui marque l’antériorité par rapport à ce présent
avant que M ne revienne : subjonctif présent : l’action est antérieure à ‘il me semble’
Il me l’ont pris…me l’ont caché : passés composés marquant l’antériorité par rapport au présent d e l’énonciateur/
—
Voici la phrase au système du passé :
Il me semblait qu’il s’était passé quelque chose avec mon pull avant que Matthieu ne revînt. Est-ce qu’ils me l’avaient pris et caché.
il s’était passé : plus que parfait
avant que M ne revînt ; subjonctif imparfait
avaient pris..avaient caché : plus que parfait

Il était maintenant tellement habitué à ne plus me voir, qu’il ne m’a pas demandé pourquoi je n’étais pas venue… sûrement parce que mon absence était passée inaperçue.

La phrase est au système du passé. L’antériorité se marque avec le plus que parfait. Vous l’avez choisi spontanément pour le verbe venir. Il le faut aussi pour passer.
Remarques :
– l’adverbe ‘maintenant’ désigne généralement le présent du locuteur. Quand il s’agit du passé, on emploie ‘alors’. Mais ‘maintenant reste possible (on se transpose dans le passé
– le plus que parfait est utilisé pour marquer l’antériorité dans une phrase au passé
– le passé composé il ne m’a pas demandé a le rôle qu’aurait un passé simple : il ne me demanda pas