Résultat de l’histoire de la langue, le mot travaux a acquis un sens spécifique ne correspondant pas directement au pluriel de travail, mot employé presque exclusivement au singulier. Le pluriel travails existe de son côté comme archaïsme ou terme technique rare. Vous pouvez lire les remarques de l’Académie française à ce sujet.
On accorde donc les adjectifs en conséquence : Les propriétaires refusaient tous travaux. Tous (les) travaux non  agréés seront refusés. 

Pour la ponctuation, les réponses données par PseudoAuPif sont pertinentes.
En revanche, on évite de cumuler dans une énumération des éléments grammaticalement hétérogènes. Dans l’exemple 2, vous devez choisir entre additionner des noms ou des des adjectifs. On n’empile pas directement « une experte » et « capable de ». 
Mon conseil est de supprimer l’article une : « Vous êtes experte […], capable […], adjecti3 […], adjectif 4 […], etc. »

Dans toutes ces tournures de… en…. (avec le même nom), la logique  plaide pour laisser les deux noms au singulier. Sauf exception à découvrir, on passe successivement d’une seule chose à une autre similaire: cabotage d’ile en ile,  évolution de jour en jour, errance de ville en ville, etc.
Force est de reconnaitre qu’on trouve le pluriel un peu partout, sans doute sous l’influence de formes où les noms sont différents et peuvent  mieux l’accepter : voler d’échecs cuisants en revers mémorables. (perception plus globale  que successive des mouvements) 

Vous avez bien entendu raison de ne pas douter. À ma connaissance, les substantifs ne sont jamais altérés ou élidés devant un autre mot (s’il y a des exceptions je ne trouve pas immédiatement). Ce sont les articles, pronoms, conjonctions et quelques adjectifs (nouvel pour nouveau, bel pour beau, fol pour fou) qui subissent ces modifications phonétiques.
Dans votre exemple, on voit immédiatement la différence entre un vieil incontinent et un vieux incontinent selon la nature des mots.

NB Pour vieux cette modification n’a pas toujours eu cours : on trouve encore chez Victor Hugo un célèbre « un vieux homme » qui fait régulièrement couler de l’encre dans les forums de langue.  Inversement, on trouve parfois, curieusement, vieil pour un nom. Les archaïsmes ont la peau dure…

Je vois peu d’autres solutions pour présenter votre phrase. Ce qui est à l’intérieur des parenthèses (des tirets, des crochets) est autonome. Le point en fin de phrase est indispensable.
Variante éventuelle : Elle y pensait… encore !
NB Le site Vitrine linguistique est canadien. Il y a peu de différences avec l’Hexagone pour la grammaire ou l’orthographie sauf pour tout ce qui touche à la typographie (ponctuation, espaces, majuscules, etc.) car il utilisent beaucoup les normes éditoriales états-uniennes qui s’imposent à tous, même aux francophones.

Le sens spécifique de « personne avec qui l’on a des relations plus qu’amicales » est assez récent (fin du XXe siècle).
Les dictionnaires courants (Ex. Le Robert) ne semblent donc pas encore avoir pris en compte sa spécificité par rapport à des usages classiques. On disait autrefois « mon petit ami » à une personne pour manifester son affection sans connotation particulière.
On constate en revanche une évolution et la tournure s’écrit de plus en plus avec un trait d’union de nom composé afin de marquer la spécificité de ce sens. À défaut d’être dans un dictionnaire, cette pratique est typographiquement légitime et finira sans doute par s’imposer comme cela a été le cas pour de nombreux noms composés dans le passé (cf. petit-fils, petit-lait, petit-four, etc.).

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En attendant, vous devez procéder par des simples réponses en précisant à qui vous vous adressez.

En typographie contemporaine (ne pas s’inspirer des graphies anciennes), il n’y a à ma connaissance qu’un seul principe qui permet d’affecter les majuscules à quelque mot que ce soit : c’est le principe valeur absolue-valeur relative. Il hiérarchise en fait tous les autres « sous-principes » que l’on trouve de manière désordonnée dans différentes sources qui ne traitent que de cas particuliers.
Donc, la majuscule s’affecte si le mot (ou groupe homogène de mots) a une valeur absolue, c’est-à-dire s’il caractérise une réalité unique parfaitement définie dans le contexte : nom de personne (patronyme, surnom), de lieu (toponyme), d’évènement (chrononyme), d’organisation (raison sociale, organisme enregistrés) ou d’autres. Dès lors qu’il est relativisé par un complément qui le réduit, il reste un nom commun.
Ici, l’appellation « Commission des phares » est auto-suffisante dans son contexte (cf. Wikipédia) et c’est donc un « nom propre ». Une « commission des finances » ne l’est pas car on doit préciser (au moins une fois) de quoi il s’agit : de celle de l’Assemblée nationale, de la mairie de X  ou de n’importe quelle autre association ou syndicat. 
NB Dans un groupe de mots, il est en général superflu d’accumuler les majuscules. Si le premier mot est majusculé, les autres noms communs restent avec minuscule initiale.

Règle générale : lorsque le verbe concerné est impersonnel, il est n’est pas logique d’employer un pronom relatif personnel à la place de que suivi de il. Étant donné la similarité de prononciation, la confusion est fréquente mais il vaut mieux l’éviter à l’écrit.
Donc :
– Il pleut donne Est-ce qu’il pleut ? (et non est-ce qui pleut ?)
– Il se passe quelque chose donne Qu’est ce qu’il se passe ?  (et non Qu’est-ce qui se passe ?)
Dans ce dernier exemple, il est tortueux d’imaginer que le qui remplacerait un complément déterminé. Dans ce cas-là, on emploie une autre tournure plus précise : Quel évènement se passe-t-il à Paris en ce moment ?
Bien entendu, si le verbe n’est pas impersonnel, on utilise le pronom relatif normalement :  Les répressions suivent les révoltes. Mais qu’est-ce qui suit les répressions ? 

La phrase est mal ponctuée et cela crée le doute.  Il faut choisir entre :
A. Deux sujets cumulés (sans incise) :
– « Pourtant, l’épicurisme comme le stoïcisme nous apprennent … »
B. Un sujet accompagné d’une incise amovible et neutre pour l’accord :
– « Pourtant, l’épicurisme (comme le stoïcisme) nous apprend … »
– « Pourtant, l’épicurisme, comme le stoïcisme, nous apprend … »
– « Pourtant, l’épicurisme – comme le stoïcisme – nous apprend … »