Les deux sont possibles avec peu de différence de sens. On peut éventuellement changer l’ordre des mots afin de mieux faire ressortir le rattachement de l’adjectif : « Les masses souterraines d’eau, appelées nappes phréatiques, … »

Il n’y a pas lieu de séparer le sujet du verbe par une virgule. Donc : « La bêtise n’est pas un point de vue. « 
Deux présentations correctes mais qui peuvent tromper :
– Introduction d’une incise entre virgules ou parenthèses: « La bêtise, celle des autres, n’est pas un point de vue. « 
– Reprise du sujet par un pronom démonstratif : « La bêtise, ce n’est pas un point de vue. « 

Depuis sa création à la Révolution, la forme état civil semble s’écrire massivement sans majuscule et sans trait d’union. Il en va de même des composés (acte, officier, registre, statistiques, etc.).
Le nom état caractérise ici la situation des personnes et pas celle de l’État comme entité administrative centralisée. La majuscule n’est donc pas nécessaire.

PS Je complète concernant la suppression de l’article. La formulation « de l’état civil » est nettement plus courante dans les documents que « d’état civil ». Celle-ci se rencontre néanmoins de plus en plus, même dans les documents officiels.

Dans ma vie de correcteur j’ai croisé beaucoup de choses mais pas cette expression. Je ne trouve rien non plus avec des outils de recherche numérique. La construction est par ailleurs surprenante, comme s’il manquait des mots : Qui est le dresseur, qui est le fauve ?
Peut-être avez-vous rencontré des formes proches :
– Qui, du dresseur ou du fauve, est le plus à craindre ?
– Quid du dresseur et du fauve ? (qu’en est-il  d’eux ?, que leur arrive-t-il ?)

Une réponse tardive : bien que l’usage (commun et littéraire) semble nettement privilégier la construction indirecte à la troisième personne, on peut s’étonner que « quelque chose prenne à quelqu’un. »  Comme l’expression est plutôt familière, cela a dû se développer en dehors des préconisations académiques. L’idée est bien qu’un sentiment, une émotion, un besoin s’empare de quelqu’un, le « prend » au sens presque propre, souvent contre son gré.
Cela explique que la construction directe se trouve aussi, même en littérature. On ne peut pas parler d’incorrection et les deux formes sont justifiables.

On pointe un objet vers ou sur quelque chose mais dans une direction (la direction n’est pas l’objectif en soi). En toute rigueur, et en particulier à l’écrit, il faut donc réutiliser la même préposition dans si on met sous forme de pronom :
*Elle regarde dans la direction dans laquelle l’homme pointe du (le) doigt. »
Force est de reconnaitre que la langue courante rechigne à répéter la préposition. Dans ce cas où peut être acceptable comme pis-aller. Elle est en tout cas plus correcte que que. On ne pointe pas une direction.

L’accord avec ni est similaire à celui employé avec ou dont il est l’inverse.
Par défaut, si les deux sujets peuvent faire l’action (solution inclusive), on met le verbe au pluriel. Si un seul le peut, le verbe reste au singulier (solution exclusive).
– Ni son père ni sa mère ne se sont un jour positionnés… (les deux auraient pu le faire) ;
– Ni son père ni sa mère ne sera élu président de la commission… (un seul peut l’être).

La B.D.L. canadienne est très estimable mais souvent incompatible avec les habitudes typographiques françaises. Sur ces sujets spécifiques (espaces, majuscules, ponctuation, abréviations, etc.) elle est inféodée aux mœurs éditoriales anglo-saxonnes et il faut éviter d’y recourir.
La virgule devant mais, ou, donc se rencontre en effet en français « de France » lorsqu’on les utilise en opposition, en particulier pour de longs segments de phrase. Mais cela doit rester un cas marginal même si on ne peut que constater une prolifération dans les médias qui influencent à la longue les lecteurs. Vos exemples prouvent que cette dérive entraine vers une « surponctuation » que je constate aussi comme correcteur dans les écrits littéraires.

Dans tout vos exemples, votre souci provient de la coexistence d’une incise naturellement encadrée par des virgules (ou parenthèses, ou tirets) avec une conjonction de coordination (et, mais). Or celles-ci ne doivent le plus souvent pas être précédées d’une virgule puisqu’elles… coordonnent.
En conséquence, on devrait plutôt écrire :
– Elle inspire doucement et, dans ce calme qui suit, je comprends qu’elle a peur.
– Je ne la vois pas mais, quand je ferme les yeux, je crois la percevoir.
– Il flâne d’une fille à l’autre et, d’ordinaire, je m’en accommode.
– Je n’aime pas l’été mais, bien souvent, j’apprécie mes vacances.
– Je le connaissais calme mais, depuis quelques temps, il se montre susceptible.

Avec un collectif ou une proportion,  il est fréquent d’accorder avec le complément qui fait l’action, surtout lorsqu’il s’agit d’êtres animés*. On garde l’accord au singulier si c’est vraiment le mot de base qui est mis en valeur, notamment s’il a une importance arithmétique :
– Une petite partie des députés ont voté la résolution (approximatif);
– Une large moitié des députés a permis  d’adopter la résolution (l’accent est mis sur la majorité).
Le critère est donc plus stylistique ou sémantique que grammatical.

*PS Pour des compléments inertes, l’accord se fait normalement avec le nom de base : le tiers de la récolte est perdu ; une partie des résultats est inexploitable.