Il n’y a pas des règles » pour tout, Dieu merci.
C’est une question d’usage et les dictionnaires font ce qu’ils peuvent pour le suivre.
Le TLF via le CNRTL a créé une rubrique qui étudie les différents modes de formation avec cet élément auto- et donne des considérations sur son évolution historique. C’est un préfixe très productif qui ne semble pas connaitre de limite d’utilisation sinon celle du bon sens…
NB Vous constaterez que auto-organisation figure dans la liste des termes identifiés.

D’une manière générale, n’insérez pas de virgule entre des éléments fortement liés : sujet et verbe, verbe et complément d’objet, pronom relatif avec son antécédent direct en particulier.
Si vous voulez insérer un segment « circonstanciel » amovible (complément notamment), faites-le avec une incise, tronçon qui s’encadre par deux virgules (ou parenthèses, ou tirets).
Conséquence : n’éloignez pas trop des éléments fortement liés, la phrase devient vite obscure.
« Quand le spécifiquement humain en nous a été abîmé, il devient facile de comparer à une machine ce qui reste du sujet plus ou moins machinisé. »
« Cet évènement avait fait un enfer de la ville où jamais rien n’arrivait. »

Votre exemple est amusant. Apparemment vous connaissez la règle d’accord mais elle vous écorche l’esprit comme vous écorcherait les oreilles le fait de dire « … si vacances vous avez prises. »
C’est normal puisque personne ne sait pourquoi il faut accorder le participe passé avec un complément d’objet direct antéposé. On sait juste que cela a été imposé comme norme, il y a quelques siècles, contre l’intuition et la logique et que c’est une des grandes conquêtes de la grammaire française qui reste la seule au monde à pratiquer cela.
En résumé, faites l’accord à l’écrit mais vous pouvez vous en dispenser à l’oral. Ce n’est certes pas souvent audible mais vous vous ferez plaisir intérieurement…
NB Ce n’est pas une fantaisie de ma part. La quasi -totalité des grammairiens et linguistes demandent une réforme de cette règle. Voir, si le cœur vous en dit, le site suivant : 

Lorsque plusieurs sujets sont en gradation (ascendante ou descendante), on considère que ces sujets ne se cumulent pas pour l’accord du verbe mais qu’ils sont englobés dans le dernier. Si celui-ci est au singulier le verbe reste donc au singulier : « Pas un animal, pas une personne n’est venue. » (avec accord de proximité au féminin) Dans cet exemple l’inversion aurait été souhaitable pour marquer l’absence par la gradation : « Pas une personne, pas un chat, pas une souris n’est venue. »
Si le rédacteur veut vraiment cumuler les sujets, ils doit formuler autrement, avec des conjonctions de coordination.

C’est bien le pluriel qui s’impose : « Il n’est, sans conscience de les avoir, ni qualité utile ni défaut surmontable. »
La forme ni… ni… est ici l’inverse de ou, conjonction par nature inclusive, c’est-à-dire appelant un pluriel (sauf les cas où les termes s’excluent clairement). On peut renverser les éléments pour rendre cela plus sensible  :  » Sans conscience de les avoir, il n’est ni qualité utile ni défaut surmontable. »
NB Ni est une conjonction de coordination qui dispense « normalement » de la virgule entre éléments coordonnés, en particulier dans une phrase courte. On constate de nos jours une tendance à surponctuer avant et, ou, mais.  Dans des aphorismes, la ponctuation jouant un rôle important, vous pouvez vous poser la question. La virgule met en relief mais elle casse aussi l’enchainement. En tout cas, elle ne doit pas être systématique (parcourir La Rochefoucauld pour s’en convaincre)…

Oui, il faut accorder puisque le qualificatif en question (intelligent) se rapporte à hôtels , nom au pluriel. 
« Cela a valu à ces rebelles le qualificatif de marginaux. »
« Cela a valu à ces reptiles le qualificatif d’animaux de compagnie. »

Comme souvent, il s’agit là d’un complément à valeur générale qui reste au singulier par défaut.
Si le pluriel a un intérêt quelconque pour le sens, il vaut mieux le marquer nettement, en particulier via un déterminant : « Le début des techniques des (liées aux, relatives aux) enquêtes criminelles. »

Quand il est vraiment adjectif (placé après un déterminant), feu est mis pour défunt et s’accorde normalement : ma feue mère, la feue reine, etc.
Avant l’article ou sans article, c’était sous l’Ancien Régime une formule protocolaire héritée du latin qui remplaçait uniformément les titres honorifiques (Sa Majesté, Son Altesse) des dignitaires décédés, d’où l’invariabilité. C’est désormais un archaïsme qu’il est un peu inutile de décortiquer.
À noter qu’il ne s’emploie que pour des personnes disparues récemment (qu’on a  pu connaitre vivantes) et non pour des personnages morts depuis des générations…

Il y a deux sens à la  préposition jusque, assez proches pour le sens mais à ne pas confondre pour la construction :
– jusque avec la signification de même, en général suivi d’une autre préposition comme dans, chez, sur, sous, devant, etc. C’est le cas de votre exemple : « Je m’évertue à le chercher jusque dans le salon. » (même et y compris dans le salon)
– jusque avec le sens de « dans l’intervalle de » (sans dépasser le point indiqué) . On le trouve essentiellement sous la forme jusqu’à (jusqu’au). « Je l’ai cherché jusqu’au bout du bâtiment. » (entre l’endroit où l’on est et l’extrémité du bâtiment).

Même si on ne le détecte qu’à l’écrit (puisque alpiniste est épicène), les deux graphies n’ont pas le même sens :
– Un des alpinistes les plus doués : alpiniste renvoie à une catégorie non sexuée. La personne fait partie des meilleurs, tous sexes confondus.
– Une des alpinistes les plus douées : on ne parle que des alpinistes femmes, c’est donc plus restrictif.
Exemple plus flagrant :
– George Sand est un des meilleurs auteurs de sa génération (femmes et hommes confondus) ;
– George Sand est une des meilleures autrices de sa génération (uniquement parmi les femmes qui ont écrit).
Les revendications récentes sur la féminisation à outrance ont brouillé cette distinction classique. Si l’on féminise n’importe comment, on finit par enfermer les gens dans des catégories et par les diminuer.