Accord du participe passé « découvert »

Les fragments de céramiques qu’il y a découverts révèlent la virtuosité des artisans céramistes :
découverts s’accorde avec le COD « Fragments de céramiques » placés avant (mot-noyau : fragments)
Les céramiques qu’il y a découvertes révèlent la virtuosité des artisans céramistes :
découvertes s’accorde avec le COD céramiques placé avant.

Le nombre mille est invariable, donc dix mille !

Présumer signifie donner quelque chose comme probable, penser en se fondant sur tel fait ; supposer quelqu’un être tel : Je présume d’après votre bronzage que vous avez eu du soleil. Je le présume honnête.
Présumez-vous qu’il a été assassiné  ? Cette phrase me semble très correcte.
Vous pouvez dire aussi : déduisez-vous (s’il y a un raisonnement), supposez-vous (si l’on est au début d’une analyse). Tout dépend de ce que vous voulez dire et du contexte de l’échange.

Il faut en effet faire tous les accords : elles sont restées ouvertes.

On emploie plus souvent le subjonctif que l’indicatif après un superlatif ou l’équivalent d’un superlatif, notamment le seul (la seule) qui, le seul que, le seul dont, l’unique qui, le premier qui, le dernier que, le meilleur que, ainsi qu’après il n’y a que… qui (que, dont, etc.) et il y a peu de… que.

C’est le seul ordinateur qui nous convienne.
Il s’agit de la première imprimante qui soit dotée de cette fonction.
Voilà le meilleur rapport que j’aie lu.
Il n’y a que cette solution qui puisse les satisfaire.

Le pronom « tout » est du singulier, même s’il reprend plusieurs éléments comme dans votre phrase. LE verbe est donc au singulier (3e personne).
Les promenades dans les galeries, les visites à la nurserie ou à la salle des œufs, les autres dragons, tout lui manquait.

Il est bien content, il est très content, il est fort content.

Bien, très et fort sont des adverbes qui donnent l’intensité de l’adjectif.

Bien content = assez content
Très content = encore plus content
fort content = pareil mais peu utilisé en français courant

Fort peu = très peu

Je ne sais pas si j’ai répondu à votre demande, n’hésitez pas à revenir pour des précisions.

Voici d’autres exemples :

Je crains que cette situation ne puisse durer fort longtemps (fort = très).
Ces familles étaient fort riches (fort = très)

Aujourd’hui, Léo s’est levé très tôt, car il était très stressé.
Henri a été très surpris en voyant tous ses amis réunis.

Vous n’accordez pas car « cela » est un pronom impersonnel et l’emploi du verbe faire est ainsi employé de façon impersonnelle : cela / ça va bien ; cela a fait…. De plus, faire de la peine, comme faire la tête est  figé et « la peine » n’est pas forcément le COD mais fait partie de la locution verbale.
Ce n’est pas exactement pareil que : « La proposition qu’elle m’a faite ! »

Si vous voulez éviter le problème ; écrivez « la peine que cela m’a causée ».
Vous allez sans doute rencontrer des personnes qui vont vous faire appliquer la logique grammaticale de l’accord du COD placé avant mais vous devrez vous faire votre opinion. Vous fréquentez suffisamment ce site pour savoir qu’il y a des débats épiques et des avis tranchés.

Ce que vous voulez exprimer c’est en effet, une quantité moyenne de 100 000 chansons ont / a été publiées /publiée.
Les deux accords sont possibles mais il faut bien exprimer : une quantité moyenne et non une moyenne de …

Que d’heures j’ai passées …
passées s’accorde avec le COD « que d’heures » placé avant. Ce n’est pas un complément circonstanciel de quantité comme dans la phrase « les cinquante ans qu’il a vécu ».