Normalement, la ponctuation n’a pas pour objet de créer des pauses à l’oral, surtout si cela vous conduit à enfreindre des règles : pas de virgules entre le sujet et le verbe, pas de virgule entre le verbe et son complément…
Donc la ponctuation de votre seconde phrase n’est pas correcte, comme vous le supposez très bien.
Pour votre première phrase, je supprimerai la première virgule. Suggestion : première étape plutôt que numéro 1.

une cérémonie de levée des couleurs : on fait la montée du drapeau

Des amis, j’en ai, j’en vois, j’en aime la plupart…
Le pronom « en » remplace des personnes (indéfini) et le pronom « les » aussi (défini).
Des gens, j’en surpasse. J’en dépasse.
La question est plutôt : que voulez-vous dire au juste ?

Je me demande si cette phrase est correcte en  matière de ponctuation, ou si cela dépend de l’effet stylistique que l’auteur souhaite donner à ses phrases. 

La ponctuation est souvent affaire de sens mais  je ne mettrais pas de virgule après « correcte », puisque « en matière de ponctuation » est lié à correcte.

 Je me demande si la ponctuation de cette phrase est correcte,  ou si cela dépend de l’effet stylistique que l’auteur souhaite donner à ses phrases. 

La locution En termes de signifie « dans le vocabulaire de » : en termes de diplomatie, en termes de sport, en termes de marine, de droit, etc., et on ne doit pas lui donner d’autres significations. En termes de, au sens de « en matière de, quant à, pour ce qui est de, du point de vue de », est un anglicisme à proscrire.

Il me semble que « avoir envie » est une locution verbale signifiant « vouloir », donc difficile d’isoler le mot « envie » comme dans « l’envie de quelque chose » où, en effet, quelque chose pourrait être complément du nom « envie ».
Toujours selon mon intuition, tout ce qui suit « j’ai envie » pourrait être un complément d’objet (COI puisque « de » est une préposition)
Par exemple, si on écrit « j’ai envie qu’il vienne », « qu’il vienne » n’est pas complément du nom mais bien la subordonnée complétive, c’est-à-dire l’équivalent d’un complément d’objet.
J’ai envie de jouer au jeu de l’oie. = il semble y avoir un emboîtement de compléments d’objet : envie de quoi ? jouer / jouer à quoi ? au jeu de l’oie.

en aucun cas ILS N’ONT pour vocation…
L’adverbe ne est généralement accompagné d’un autre mot de négation comme les déterminants et pronoms aucun(e), nul(le), personne, rien ou les adverbes pas, plus, jamais, nullement, et parfois (dans un registre littéraire ou vieilli) point et guère.

Aucun de vous n’a de voiture.

Rien ne va.

On n’avait rien reçu.

Je ne mange plus.

Pour accéder à ce stage, j’ai mobilisé mon réseau de connaissances, qui m’a orientée (accord au féminin si m’ = une femme) vers cette institution. Avant de la contacter, j’ai pris le soin de me renseigner sur son fonctionnement.

Le Participe passé s’accorde avec le COD placé avant = COD : mon réseau a orienté qui ? moi = m’ = donc orientée si moi est une femme

Quand les noms communs, employés comme adjectifs de couleur sont invariables. Ils ne prennent pas de «s» à la fin. Ainsi, on écrit «des châtaignes marron», «des feuilles orange». «On peut en effet considérer ces formes comme des ellipses», explique l’Académie française dans sa rubrique «Questions de langue». En effet, on peut dire «des châtaignes (de la couleur du) marron» ou «des feuilles (de la couleur de l’) orange».

Cependant, il existe des  exceptions à cette règle: «rose», «mauve», «pourpre» et «écarlate», qui prennent un «s» au pluriel. Ils s’accordent avec le nom qualifié et deviennent ainsi de vrais adjectifs. De même, «fauve» et «incarnat», qui sont d’abord des adjectifs, sont aussi variables. On écrit donc: «des fauteuils pourpres» ou «des fleurs mauves».

Pourquoi les exceptions ? Existe-t-il une raison ? L’Académie française ne le précise pas, mais ce n’est pas la seule irrégularité en matière orthographique de notre belle langue. 

La possession peut être élargie : à vous de marquer le sens  « son activité / leur activité.

Vous pouvez avoir un « avec » qui exclut ou qui intègre  : il a développé son activité avec ses enfants. Avec ses enfants, il a développé son activité. Il a développé avec ses enfants leur superbe entreprise de….

Le célèbre épicier,  investi depuis 30 ans maintenant dans (la conduite et) le développement avec son épouse Martine de SON / LEUR activité dans la ville de Rouen, a rencontré aussi la philatélie.

Si les faits devaient… (imparfait) ==> je saisirais (conditionnel présent)
Avec une hypothèse à l’imparfait, on imagine un fait  très « irréaliste ».
Si les faits se reproduisent ==> je saisirai (futur)
Avec une hypothèse au présent, on imagine un fait nettement possible ; donc on emploie le futur dans le verbe de la principale.

Dans  deux cas, il n’est pas question de temps mais un degré de réalité envisagée pour quelque chose qui n’existe pas actuellement.