Quelques rares mots (ne, mais aussi de  et que ) ont parfois une valeur dite explétive. Ce sont des héritages de la structure des phrases en latin que l’on peut qualifier d’archaïsmes car ils n’ont plus d’intérêt grammatical en français moderne.
Même si certains, dont l’Académie, leur prêtent un intérêt stylistique qui reste à démontrer, leur absence favorise la clarté en évitant toute confusion avec le ne de négation par exemple. Votre question le prouve par elle-même…

Mon conseil est donc de ne pas les employer, sauf pour des travaux littéraires prétendant à  un haut niveau de langue. Vous et vos lecteurs aurez tout à y gagner…

— Cette action se produit sans que le temps passe (et non ne passe) ;
— Il y a trois guichets ouverts (et non d’ouverts) ;
— C’est mal d’agir ainsi (et non que d’agir ainsi).

C’est encore une belle bourde de l’Académie (et d’autres d’ailleurs) !
Pour des raisons d’euphonie compréhensibles (hiatus flagrant), elle a normalisé la consonne euphonique t dans les questions : Va-t-elle réussir ?
Pour la même raison, elle a soudé cette consonne s avec un verbe à l’impératif : Vas-y  !
Le résultat est une confusion sur la forme de l’impératif en général, cette subtilité échappant à presque tout le monde et s’imposant de manière arbitraire. La forme « normale » devrait être : Va-s-y !
On imagine le silence de mort lorsque l’on évoque la question Quai Conti…

Cette tournure n’est pas fautive mais largement désuète, inemployée semble-t-il depuis le XIXe siècle. Voici deux extraits comme exemples :
1. Description historique et critique de l’Italie  (p. 125) de l ́Abbé Richard en 1769 :
2. Dictionnaire de médecine et de chirurgie pratiques (p. 418) en 1830.

Elle est donc à employer avec précaution dans un contexte contemporain. On préfèrera il est d’usage  ou il est de circonstance par exemple.

Votre question est réellement intéressante, tant sur un plan linguistique que pour des raisons stylistiques en littérature. Mais le sujet est plus un thème de recherche qu’une simple question grammaticale et excède le périmètre de ce site.
Comme correcteur, je peux confirmer que je dois redresser des tournures dans lesquelles avec  est utilisé de manière abusive. Il ne s’agit pas forcément de constructions incorrectes à proprement parler, mais d’un relâchement généralisé de la qualité littéraire, dans lequel les prépositions – d’un usage facile, et cumulables – se substituent à des formes plus élaborées et variées de construction.
Un autre cas connu est celui de sur que l’on trouve accommodé à toutes les sauces. Mais on peut aussi citer la conjonction comme  qui écrase souvent de sa fréquence les nombreux procédés permettant d’imager un texte.

P.S. Je viens de lire une excellente analyse (selon moi) traitant de l’usage apparemment abusif de sur.  Je pense  que nombre de raisonnements et d’arguments  peuvent s’appliquer à avec :  SLATE (signé par Jean-Marc Proust)

Attention : la règle selon laquelle le participe passé ne s’accorde pas après « en » n’est pas aussi impérative qu’il y parait. Elle pose un problème « congénital » de justification puisque décréter, comme le font nombre de grammairiens, que « en » est un neutre n’est pas fondé et va à l’encontre des  principes d’accord du participe passé.
Sans privilégier l’une ou l’autre, on peut donc s’appuyer sur l’autorité du Bon Usage (Grevisse) pour accepter les deux formes.

Selon moi, la forme non accordée convient mieux lorsque en est un vrai partitif (de la confiture, j’en ai mangé )  et moins lorsque le COD est dénombrable (les extraterrestres existent, je suis sûr d’en avoir vus ).

La réponse est facile : il n’y a aucune raison !
Comme pour tant de mots, les caprices académiques ont multiplié au fil des siècles les consonnes doubles inutiles ou supprimé celles qui se justifiaient.
Ce verbe s’est longtemps écrit « annuller » selon la forme latine avant de mystérieusement se voir priver du second l. Je vous joins le bref aperçu étymologique donné par le CNRTL . Je n’ai pas pu trouver la date précise du changement, mais le célèbre dictionnaire de Furetière (1690) ou la 4e édition du Dictionnaire de l’Académie en 1762  le donnent encore avec deux l .

N.B. Les « rectifications de 1990 » prévoyaient une rationalisation généralisée du mécanisme de doublement des consonnes. Mais l’Académie a reculé devant l’ampleur de la tâche, ne redressant qu’une vingtaine d’anomalies comme charriot, bonhommie, combattif, persiffler, etc. 
Après l’accord du participe passé, cette « famille » est la deuxième source d’erreurs à l’écrit. Certains soutiennent que c’est le charme du français…

N’importe quel nom peut s’écrire avec ou sans majuscule. Voyez ce que j’en dis dans ma réponse sur ce site : Majuscule aux points cardinaux.

Pour « Histoire », on pourra donc avoir :
— l’histoire du monde, l’histoire de France, l’histoire médiévale (valeur relative avec un complément) ;
— l’Histoire (tout court),  si le lecteur est censé connaitre le référentiel de ce mot dans le contexte (valeur absolue). Ce peut être la discipline scolaire, la personnification divine (la muse Clio), l’enchainement des évènements passés depuis que l’Homme les rapporte ou même un contenu quelconque pourvu que le rédacteur l’ait clairement défini avant. 
Encore une fois, inutile de consulter des dictionnaires ou des ouvrages spécialisés. Cette norme vous évitera des dizaines de migraines…

Cette question se pose régulièrement sans que les réponses semblent satisfaisantes, sans doute parce que trop complexes ou difficiles à mémoriser.
Je ne reviens pas sur les raisons de l’inversion  dans une question : j’ai relu ma réponse du 21.04.2016 et la maintiens.

Mais comment faire le bon choix à coup sûr ?
En essayant plusieurs configurations sur la même phrase, je m’aperçois que le principe est constant.
Phrase de  test : Les enfants viendront manger. Question :  Les enfants viendront-ils manger ?
— si les mots ajoutés ne modifient pas du tout le sujet > reprise par le pronom : [Quand] [Pourquoi] [Jusqu’à quand] [Comment] [Avec qui] les enfants viendront-ils manger ?
— si les mots ajoutés modifient, même légèrement, le sujet > pas de reprise par le pronom : [Combien d’enfants] [Quels enfants] [Lesquels des enfants] viendront manger ?  
Apparemment, cela fonctionne bien et le principe est simple, suffisamment pour se passer d’un ouvrage de grammaire. À vous d’essayer…

Pour agrémenter vos réflexions, voici une tribune édifiante qui vient de paraitre dans Le Monde : la confusion permanente (et récente) du genre et du sexe sème la pagaille dans les textes.
Mon avis est que l’on doit continuer de bien différencier :
— ce qui relève des attributs propres de la personne (dont grade, fonction ou profession) et appelle la nuance de sexe : Mme X est la porte-parole du gouvernement ;
— ce qui n’est que circonstanciel, occasionnel, imagé pour lequel le genre du mot prédomine : Elle s’est faite le porte-parole du groupe à l’occasion de la manifestation.

C’est parfois subtil mais cela permet de gérer des mots dont soit le masculin soit le féminin n’existe pas puisqu’il ne sont pas des qualités intrinsèques de la personne : victime, star, icône,  assassin,  jouet, etc.
Cela explique aussi que le dictionnaire ne soit pas d’un grand secours pour gérer ce problème !

N.B. Voir en complément les analyses sur ce site  pour le mot témoin.

On trouvera des avis bien différents selon les contributeurs !
En ce qui me concerne, j’ai un point de vue proche de celui des linguistes.  Je dirais que la grammaire n’est pas une science mais une création humaine évolutive propre à chaque langue. Ni progrès ni recul donc, mais des états successifs avec leurs caractéristiques. Les ouvrages qui paraissent avec des visées normatives ne font que prendre en compte de manière cohérente les variations de ce qui se dit et s’écrit mais ne découvrent rien de particulier.
Entrer dans le détail est une entreprise d’ampleur dans laquelle je ne me lancerai pas ici…