En effet, et bien que cette idée soit particulièrement extrémiste, le développement d’une communauté ne peut s’opérer sans sacrifices humains…
Cette phrase est parfaitement correcte. 

La première virgule est plus que correcte, elle s’impose justement, et même doublement, d’une part parce qu’elle se trouve après « en effet« , d’autre part pour permettre l’incise « et bien que cette idée soit particulièrement extrémiste« .
Votre phrase revient à dire : En effet, le développement d’une communauté…. bien que cette idée soit…. Une virgule avant et / ou après « et » n’aurait donc aucun sens.
Mais vous introduisez une idée importante en incise, alors le « et » vient renforcer le « bien que« . Mais il ne s’impose pas à proprement parler.

Je souhaite répondre à la question de Dewelis (heureuse de vous revoir ! et flattée que vous me demandiez mon point de vue…), question que vous aviez vous-même posée Val :
Pouvez-vous donner votre point de vue sur le sujet suivant : Ponctuation dans une phrase « C’est afin de […] que » – Question Orthographe (question-orthographe.fr)
(si possible en partant du principe que le correcteur n’a pas le droit de modifier la phrase en question).

Je vais me contenter de raisonner logiquement :
Quand vous vous retrouvez face à une phrase trop longue, puisque vous n’avez pas le droit de changer le texte, il vous est possible d’introduire des tirets, pour la partie qui alourdit la phrase, et ainsi vous passer d’une virgule mal placée :
C’est afin de blablabla _ tout en maintenant blablabla _ que nous avons décidé de………..