Tara, la différence se joue sur le sens : ‘il y a longtemps que je ne t’ai (pas) vu » signifie que je ne t’ai pas vu depuis un certain temps. Alors que « ça fait longtemps que je t’ai vu » signifie que j’ai, depuis un certain temps, noté ta présence actuelle (à une réunion ou autre).

Et le « ne » explétif, je ne vois pas bien en quoi puisque c’est lui qui détermine justement ici la négation (qu’on ne peut préciser autrement que par son utilisation, et qui rend de fait le « pas » redondant et donc inutile, explétif pour le coup)