Bonjour,
J’aurais tendance à répondre que « constitué de » fait référence aux éléments qui font partie de l’ensemble considéré, tandis que « constitué par » évoque ce qui est à l’origine de cette constitution.
Ainsi, une classe est constituée de plusieurs élèves, par la maîtresse. Une équipe sportive est constituée de joueurs, par le sélectionneur.
Dans votre phrase, j’écrirais donc  : « Leur maigre avantage était constitué de quelques vestes de protection et d’une poignée de grenades incapacitantes. »