Bonsoir,

Personnellement, je trouve la manière populaire avec /que / (Plus que t’attends, plus que c’est vexatoire. [R. Martin du Gard]) plus logique.  Avec celle-ci vous auriez pu poser un /ne/ explétif après /moins que/, mais ce n’est pas la forme correcte de ce genre de mise en corrélation !
Après /moins/ seul,  il n’y aucune raison d’ajouter un /ne/ explétif , qui de toute façon s’avèrerait inutile. Ecrivez alors sans hésitation  : « Plus j’y pensais, moins ça avait de sens. » Si la répétition du son /a/ néanmoins vous gêne, cherchez une variante : « Plus j’y pensais, plus ça perdait de sens. », ou tout autre formulation de même intention.