Comme dans des centaines de cas de compléments sans article, il est possible d’argumenter dans les deux sens. Ce ne sera jamais incorrect, mais crée en permanence des hésitations assez vaines, comme le prouvent toutes les questions de ce type posées sur ce site.
Linguistiquement, sauf obligation particulière (assez rare), c’est le singulier qui prime par défaut. Si le pluriel doit être indiqué, il est préférable de le marquer : une guerre des religions (article), une guerre de religions irréconciliables (adjectif).

Contrairement à  Chambaron, je ne pense pas que l’on puisse dire que le singulier vaut toujours par défaut. C’est le sens qui détermine le choix entre singulier et pluriel (et je ne crois pas que ce soit spécialement rare). Dans la phrase suivante, par exemple le singulier est absolument exclu (de même que l’article défini contracté) :
Tant que la politique sera une guerre de rivaux / de rival / des rivaux. (source)
Ce qui est bien logique, puisque pour qu’il y ait guerre, il faut au minimum deux belligérants.

Ce qui rend le choix possible dans guerre de religion(s), c’est que l’on peut aussi bien référer à la religion (= Rapport de l’homme à l’ordre du divin ou d’une réalité supérieure, tendant à se concrétiser sous la forme de systèmes de dogmes ou de croyances, de pratiques rituelles et morales)*, alors, la religion est cause de guerre >>> guerre de religion ; qu’aux religions (= Forme particulière que revêt pour un individu ou une collectivité cette relation de l’homme au divin ou à une réalité supérieure)*, alors, les religions sont causes de guerre >>> guerre de religions.

*Définitions extraites du Tlfi.

Puisqu’il s’agit d’une guerre, c’est qu’il y a forcément au moins deux religions qui s’opposent.
Aussi, le pluriel semble s’imposer :
Une guerre de religions

Au pluriel, on écrira plutôt « les guerres de religion« , car on considèrera que ce sont des guerres qui concernent la religion.
Plusieurs formes sont appropriées, en fonction des cas, comme l’explique cet excellent article ICI