Les deux verbes ont une étymologie différente, mais leur sens se rejoint en français contemporain.

Sustenter : Emprunté. au latin sustentare « tenir par dessous, soutenir »; « conserver en bon état »; et puis  « alimenter, nourrir », de sustinere  (voir soutenir). On rencontre, parallèlement, dès le moyen  français , la forme substanter,  de substance.

Substanter :  latin.substantia « être, essence, existence, réalité d’une chose » et tardivement « aliments, nourriture; moyens de subsistance, biens, fortune

Je ne sais où vous avez croisé ces deux verbes mais ils sont d’un emploi peu fréquent, ce qui peut expliquer la confusion, leur sens finissant par se perdre.
Sustenter (soutenir) ne se trouve plus guère que comme terme technique en aéronautique ou comme synonyme familier, voire humoristique, pour s’alimenter ou casser la croute.
Substanter (donner de la substance) est encore plus rare, voire quasiment disparu comme ses composés.
[Le lien hypertexte renvoie au CNRTL-TLF]
Dans les deux cas, il vaut mieux s’abstenir de les employer sauf dans les domaines techniques concernés.