Vos deux phrases sont mauvaises. La forme « être substitué par » n’est jamais valide, et la forme « être substitué à » demande de mettre d’abord ce qui apparaît et ensuite ce qui disparaît.
La locution verbale « se substituer à », ou « être substitué à » veut dire « prendre la place de » et non son inverse « laisser la place à ». Dans « A est substitué à B », le premier terme est ce qui apparaît. Le second terme, introduit par « à », est ce qui disparaît.
Donc soit vous changez le verbe :
— la tolérance va devenir (va se transformer en, va être remplacée par, va laisser la place à) de l’agressivité
Soit vous inversez les deux termes :
— l’agressivité va se substituer à (va prendre la place de) la tolérance.

La douceur s’est substituée à de l’agressivité : signifie que l’agressivité n’est plus et qu’elle a fait la place à de la douceur.
Se substituer à : prendre la place de…
Si quelque chose se transforme en agressivité, c’est que l’agressivité s’est substituée à cette chose.

Sinon, avec par :     [Ce sentiment] qui  va être remplacé  alors par de l’agressivité.  =  « [Ce sentiment] qui va alors se transformer en agressivité ».