Il n’y a aucune préférence à avoir hors contexte. Les deux modes sont possibles et portent, chacun, une nuance
Pour aller vite : l’indicatif est le mode du réel, le subjonctif du virtuel ou du subjectif.

Ne trouves-tu pas que nous sommes complémentaires ?
L’énonciateur (celui qui énonce la phrase) a une opinion. La complémentarité dont il parle appartient à son système de croyances.
Ne trouves–u pas que nous soyons complémentaires ?
L’énonciateur pose un sujet à débattre, en quelque sorte. La complémentarité est posée en dehors de son système de croyances.

Certes, c’est une nuance, elle existe néanmoins.

Bonjour,
J’ai approuvé la réponse de Tara et son argumentaire : les 2 modes, indicatif et subjonctif, sont possibles.

Cependant, le questionnement à la forme interronégative, sauf s’il s’agit d’un tic de langage,  oriente l’opinion : le questionneur a déjà la sienne et dans ce cas, l’indicatif est approprié : Ne trouves-tu pas que nous sommes complémentaires ?  Une forme interrogative simple maintient en revanche la question plus ouverte, donc accessible aussi bien à une approche réelle que virtuelle : Trouves-tu que nous sommes complémentaires ?/ Trouves-tu que nous soyons complémentaires ?