1. Ils s’en sont vus déçus.
Ils ont été déçus de cela. Ils en ont été déçus. Le pronom « en » mis pour « de cela » est simplement un complément de l’adjectif « déçu ». Il complète un adjectif mais ne participe pas à la structure de la phrase. Conjuguez et accordez verbe et adjectif comme si ce pronom n’existait pas : ils se sont vus déçus = ils s’en sont vus déçus.
De toute façon, ici, « se voir » a un sens de verbe d’état et « déçu » est un adjectif qui a la fonction d’attribut : ils ont été déçus, ils se sont trouvés déçus, ils se sont vus déçus. On accorde tout. Nous ne sommes pas dans le cas du délicat « se voir + verbe d’action », où il faudrait davantage analyser la phrase.

2. De belles âmes j’en ai connu.
Ces belles âmes je les ai connues. De belles âmes j’en ai connu.
Comme le pronom « les », le pronom « en » est bien un cod placé avant un verbe conjugué avec avoir. Il reprend certes « de belle âmes », mais puisque c’est un pronom avec sens partitif, on n’accorde pas. Même si les âmes sont dénombrables, même si on est certain qu’il y en a plusieurs, c’est la construction et les conventions habituelles qui demandent de ne pas accorder.

Vos deux phrases sont donc bien orthographiées.