Bonjour,

Tout dépend de ce que vous voulez exprimer.

1- Seuls la plupart des participants sont restés , alors vous devez écrire :
Il ne reste que la plupart des participants (emploi de ne …que )

2- Il s’agit de la locution « Il reste que » qui signifie : on ne peut nier que ,  il est toutefois vrai que, alors vous devez écrire :
Il reste que, la plupart des participants n’ont pas apprécié les propos du conférencier. 

Bonjour Christian.

Les deux formes sont correctes.
« Reste » est souvent considéré comme une forme abrégée de « il reste », et peut s’accorder avec le sujet ou rester invariable.

« Restent que la plupart des participants…  » ou « Reste que la plupart des participants… «