Oui, c’est incorrect : deux solutions possibles.
Pourquoi cette ville s’appelle-t-elle comme ça ?
Pourquoi est-ce que cette ville s’appelle comme ça ?
(Ceci dit je trouve la phrase plus jolie avec « ainsi » que « comme ça », mais c’est personnel ^^)

Bonjour,

En français on peut poser une question de différentes façons.

• La phrase a la structure d’une phrase affirmative terminée par un point d’interrogation. L’intonation monte en fin de phrase.

Tu bois du lait le matin ?

• La phrase commence par est-ce que .

Est-ce que tu bois du lait le matin ?

• On inverse le sujet et le verbe ; cette forme est soutenue.

Bois-tu du lait le matin ?

Ainsi lorsque l’on pose une question on a le choix entre l’une de ces trois structures.

Lorsque la phrase commence par un terme interrogatif tel que  pourquoi, comment, où , à qui , à quoi … on inverse  le sujet et le verbe.

Comment as-tu fait ce gâteau ?
Quand est-il arrivé ?
À quoi cela te sert-il ?
Pourquoi as-tu agi ainsi ?
Où va-t-il de si bon matin ?

Bien qu’elles soient employées dans le langage courant,(Quand est-ce qu’il est arrivé ? ─ Pourquoi est-ce que tu as agi ainsi ?)ces formulations sont lourdes et doivent être évitées à l’écrit. 

Écrivez :

Pourquoi cette ville s’appelle-t-elle ainsi ?

Bonjour Decapod,
Vous écrivez bien, je vous en félicite. Même trop bien. Venant de vous, une telle question surprend.
Czardas a donné une réponse complète.
Cela dit, je crois que, entre correcte et incorrecte, une phrase  peut être tout simplement maladroite.
Cordialement