Bonjour,
la seule forme correcte est : « Qu’est-ce qui justifie cette augmentation ? « 

La forme impersonnelle n’est possible  qu’avec des verbes qui peuvent se construire ainsi, or on peut répondre « Un bon résultat justifie cette augmentation.  » mais jamais  : « Il justifie cette augmentation un bon résultat. » où  » Il  »  ne représente personne.

Avec des verbes strictement impersonnels, c’est toujours la forme « Qu’est-ce qu’il « . Voici un exemple avec le verbe « falloir » : « Qu’est-ce qu’il faut pour être heureux ?« ,  question à laquelle on peut répondre « Il faut un ami pour être heureux. » mais jamais « Un ami faut pour être heureux. » (à moins de s’appeler Yoda) 

Avec des verbes qui admettent les deux formes, vous choisissez comme il vous plaît, par exemple avec le verbe «  arriver « . « Qu’est-ce qui est arrivé ? » ou « Qu’est ce qu’il est arrivé ?  » sont des questions toutes les deux correctement formulées et tout à fait équivalentes, car on peut répondre aussi bien « Un heureux évènement est arrivé.  » que « Il est arrivé un heureux évènement.«