Bonjour Line, les deux sont grammaticalement possibles, cependant j’aurais une nette préférence pour la série de bêtises que tu as faites (accord au pluriel avec les bêtises plutôt qu’avec la série). Pour moi, le sens est ici de faire des bêtises « en série » = en grand nombre, en grande quantité. L’expression la série de joue ici le rôle d’un déterminant de quantité (comme le nombre de, la quantité de) et dans ce cas l’accord avec le sens (pluriel) peut être privilégié : vu la quantité de bêtises que tu as faites / le nombre de bêtises que tu as faites / la multitude de bêtises que tu as faites, etc.

On peut entendre « la série de bêtises » comme « toutes les bêtises« .
On peut donc considérer que ce n’est pas la série qu’il a faite  (ce qui ne veut rien dire), mais toutes les bêtises qu’il a faites.
Personnellement je vous suggère l’accord au pluriel.

Règle générale (qui s’applique quand les règles particulières ne trouvent pas à s’appliquer) : « Lorsque le C.O.D. est un nom collectif suivi de son complément, l’accord  se fait avec celui qui est dominant. » Cf. Heuri  Briet , L’accord du participe passé, coll. « Grevisse. Langue française », p. 111.

Il convient donc de se demander quel est l’élément le plus important =  le noyau du syntagme la série des bêtises. Je constate que série se subordonne l’article défini la et le syntagme de bêtises. Bêtises se subordonne uniquement de ; il ne peut donc pas être le noyau du syntagme (=groupe) total (la série de bêtises).

L’accord du PP  doit donc se faire avec série (qui est, je le rappelle, l’élément prédominant du groupe total. ==> Tu es puni pour  la série de bêtises que tu as faite.
Au demeurant,  il est puni parce que probablement il a fait toute une série de bêtises ; s’il n’avait fait qu’une seule bêtise, il aurait vraisemblablement pu échapper à la punition (ou aurait été bien moins puni). 

Bonne soirée, Line.