« Que » ou « Où » ?

C’est la première année que j’ai vraiment adoré l’histoire-géo.
Cette phrase a une forme emphatique. C’est.. que est une formule d’insistance. En ce cas, « que » est une conjonction et pas un pronom relatif.

C’est la première année où j’ai vraiment adoré l’histoire-géo.
Cette fois-ci, la phrase est complexe.
La principale : c’est la première année
La proposition subordonnée relative : où j’ai vraiment adoré l’histoire-géo
Remarque : ici, le présentatif « c’est » introduit un groupe nominal (« la première année »), non pas la phrase entière.

Donc, les deux formulations sont correctes mais ne disent pas la même chose.

LE pronom relatif où peut renvoyer à un lieu (le village où je suis née) et à un temps (l’époque où il travaillait).

Merci pour ces indications !

Comme l’explique justement Tara dans sa réponse, les deux constructions sont correctes mais il y a une difficulté qui ne vient pas spécifiquement, selon moi, du mot employé.  En effet, que et où peuvent tous deux faire fonction de pronom relatif ou de conjonction de subordination.  Mais rien ne distingue ces nuances dans la tournure et la même phrase peut donc se comprendre de deux manières différentes, même en contexte. C’est ce qu’on nomme en linguistique une amphibologie, poison dont il est difficile de se prémunir. Dans certains cas, il faut revoir totalement la formulation.
Pour votre exemple, C’est la première année que/où/pendant laquelle j’ai adoré l’Histoire :
1. J’avais déjà étudié l’Histoire mais cela ne m’avait pas passionné avant cette année-là. 
2. C’est un cursus de plusieurs années et c’est lors de la première année que l’Histoire m’a passionné. 
Cette ambigüité semble provenir de l’utilisation d’un présentatif, ainsi que le dit Tara, et on peut la retrouver dans d’autres tournures. « C’est la sentinelle qui l’a abattu » peut se lire comme : 
1. Ce n’est pas une autre personne qu’une sentinelle qui lui a tiré dessus ;
2. C’est bien cette sentinelle-là qui a tiré, en la désignant.