C’est la première année que j’ai vraiment adoré l’histoire-géo.
Cette phrase a une forme emphatique. C’est.. que est une formule d’insistance. En ce cas, « que » est une conjonction et pas un pronom relatif.

C’est la première année où j’ai vraiment adoré l’histoire-géo.
Cette fois-ci, la phrase est complexe.
La principale : c’est la première année
La proposition subordonnée relative : où j’ai vraiment adoré l’histoire-géo
Remarque : ici, le présentatif « c’est » introduit un groupe nominal (« la première année »), non pas la phrase entière.

Donc, les deux formulations sont correctes mais ne disent pas la même chose.

LE pronom relatif où peut renvoyer à un lieu (le village où je suis née) et à un temps (l’époque où il travaillait).

Merci pour ces indications !