1.Les enfants sont malheureux.
2.Les parents de ces enfants les maltraitent

Pour aboutir à : Les enfants que les parents maltraitent sont malheureux,  votre phrase 2 devrait être : les parents maltraitent ces enfants.
Votre phrase 2 est déjà transformée  :  un pronom reprend le mot enfant.

Pour faire une subordination je  partirai donc de ces deux phrases :
1. les enfants sont malheureux.
2. Les(ces) parents maltraitent les (ces) enfants.
Le seul nom qui se retrouve dans ces deux phrases  est « enfants » : on pourra donc avoir :
Les enfants que les parents maltraitent sont malheureux.
ou :
Les enfants qui sont maltraités par leurs parents sont malheureux.( où on procède en plus à une transformation passive qui rend l’objet « enfants », sujet et l’agent « parents » complément).
Seul le mot « enfants » peut être repris par un pronom relatif, le mot « parents » n’apparaissant qu’une fois (dans la première phrase).