Bonjour,

Le présent de l’indicatif me semble plus adapté et plus simple. « Cette opération pourra être effectuée si le foncier est cédé gratuitement et que votre Municipalité prend en charge les coûts. »

Cependant, le subjonctif, dans ce cas, n’est pas impossible. En fait, le « que »,  quand il prend la place d’un second « si », peut commander un indicatif ou un subjonctif. Si bien que la tournure que vous citez se justifie tout à fait.

Votre phrase est mal construite :
« Cette opération pourra être effectuée si le foncier est cédé gratuitement et si votre Municipalité prend en charge les coûts. »