Je pressens sa présence plus que je ne la vois.
Oui, « plus que » est correct.

Je n’ai pas retrouvé votre phrase en suivant votre lien. Le contexte est important, car on pourrait penser que « vois » se rapporte à « présence ». Or on ne peut pas voir une présence. Le verbe « pressentir » me semble mal adapté ici.
Ma suggestion :
Marie est dans la pièce. Je ressens sa présence plus que je ne la vois.