J’ai cru lire que « aérien » s’oppose à « souterrain » dans beaucoup d’expressions courantes modernes. Ainsi le métro parisien est « aérien » sur plusieurs tronçons.
Cela assumé, collez autant que possible un adjectif au plus près du nom qu’il qualifie : cela évite les ambigüités. Dans votre exemple, il y a le choix : « Des places aériennes de stationnement » ou « Des places de stationnement aérien ».
Dans les deux cas, stationnement reste au singulier.